对生信的一点点认识和反思
新媒体管家
王国维在《人间词话》提到了学习的三重境界：“昨夜西风凋碧树。独上高楼，望尽天涯路。”此第一境也。“衣带渐宽终不悔，为伊消得人憔悴。”此第二境也。“众里寻他千百度，蓦然回首，那人却在，灯火阑珊处。”此第三境也。
第一境界也就是决定要做啥事，生信也一样，看着密密麻麻的编码感觉很压抑也不理解，感觉生信好难好难。
沉下心来做事，安安静静的学习，安安静静的敲写书中的代码，去理解别人的代码。这时候可能就是“为生信消得人憔悴”。
在代码里挣扎好久，“众里寻生信”，等到入门后可能再回头看某个东西的时候就是原来是这样子呀，也许就是“蓦然回首，那人却在，灯火阑珊处”。
陆陆续续真正接触生信有近半年了，对一些问题有了初步的认识，就算叫入门吧。生物信息学入门个人感觉首先就是跨越工具，如果只是用一些网页工具的话，只能是受制网页的功能，可能无法实现自己想探索的东西。我最早接触的Perl，今年三月份开始学习Perl，Perl的学习技能树中有很多帖子，但是有一点请大家放心的是：两个半小时肯定学不会Perl，我觉得如果打算学的话，这样的快餐“书籍”作为一个参考，建议还是系统的去学习每一门语言，打好基础，即使自己写不出代码但是也可以看懂别人都代码，拿来改造，为己所用嘛。
Perl没有想象的那么差，其实它是一门非常伟大的语言，每一门语言都是一个哲学体系，只有学不会或者不会用的人说他难理解，就像我们不理解某个哲学家一样，但这不影响人家哲学思想的伟大一样。对于Perl的学习，小骆驼看两遍，基本上就可以凑合着用了；提高的话，“无他，唯手熟尔”。
关于R，我也只是看了入门的《R实战》，很好的入门书，讲解的很清楚，我只看了一遍，印象不深刻，还在继续学习。看完《R实战》后，建议大家看看高山老师的《R语言与Bioconductor》，目前只看了一遍，对于芯片数据和数据可视化处理有了一点认识。
现在的感觉就是，学生信学编程就是多看书，多实战，说多了都是矫情。同时在学编程时，一定要搞清楚读入数据的结构是啥，不同的数据结构在不同的语言中是有差异的，多多查看数据结构，非常有帮助，Perl中的Data::Dumper谁用谁知道。R语言中的str(),class()。学会差看帮助，慢慢的提高。
跨越工具本身不是目的，实战才是硬道理，对基础有点认识后尽量实战几遍，从十几个题目到RNA-Seq的实战。感觉对生信真的有了一点点认识。
十几个题目的挣扎会带来两个提高：
1.对生物信息学本身的认识；
2.对编程能力的提高。
反复操练十几个题目大有裨益，比如Perl对fastq文件的操作，主要针对四行进行，每行逐一读入后分别进行操作即可，固定格式，就像经典的while（<>）{do }语句。对于GTF文件的操作，函数split 的应用，将逐列分开而后进行操作，以上就是Perl对行、列操作的经典语句。
当然这一切离不开对Perl基础知识的认识，标量，数组，哈希。对于这些基础知识的理解强烈建议大家多解几个json文件，认识就非常深刻了。因为如果Perl中对数据结构认识不清楚的话，解不出来。如果再把Perl的精髓正则表达加入，就无敌了。
R语言并不擅长处理文本，而fastq格式却类似于文本，所以处理起来慢，有点不方便。但是R中bioconductor的目的之一就是用R解决所有生信问题，极客们还是构建了很多包，也就是把各个函数封装起来，让大家免费用。
首先包的帮助文档必不可少，实战题目，再加上高山老师的《R语言与Bioconductor》，确实有新的认识。无论啥时候请大家一定记得str()，尤其是数据结构不清楚的时候。有时候总想搞的很彻底，但是后消耗大量的时间。彻底搞懂还是有收获的。
对于linux这个伟大的系统，把《鸟哥的私房菜》看前400也就行了，可以凑合着用，然后用哪里学哪里就好了(⊙o⊙)，一定不要忘记了man XXX（帮助文档很有用）。
在RNA-seq的实战中，我觉得安装软件最大的问题就是添加到： 环境变量，虽然我水平有限但是也有小伙伴联系说软件安装不上，我也挣扎过这个问题，但是有一点绝对正确的真理就是：一切皆文件，那也就是说，用绝对路径去运行一个软件一般情况下是没有问题的。所以如果实在安装不上也不用挣扎，直接用软件存放的绝对路径即可( ^_^ )（如有错讹，还望斧正）。
互联网的时代多多检索，找到关键词，进行有效的关键词检测，总有人说检索不到有用的东西，请多反思自己会不会检索，我也要反思。( ˇˍˇ )
学到这里生信可能才刚刚开始，或者说可以开始学生信了，基因十，值得拥有，即使看不完也可以当做基因的词典嘛。
写记录真的很重要，技能树上很多帖子，我以前觉得现学现卖不好，但我现在觉得这是一种学习笔记或者实验记录，和现学现卖没关系。到目前，也没写过啥，写了几个实战题目Perl代码全注释帖子，模仿了别人的RAN-Seq流程帖子，翻译TCGA流程文档。回头想想学习笔记太少了，时间都去哪了……..
每天做1的话，1年365天还会是1，如果没有1.02，而365天之后将会是1377.408，而如果有退步呢，1年之后可能就忘完了。
夜阑人静当自省，收获几何？