画个火山图而已？当然不是。

写在前面

前两天我推了一个博文《不就画个火山图吗？有那么难吗？》。放出了一个传说中的火山图绘制功能。怎么说呢?难道，所有人都以为我就只是想画个图，交差了事？当然不是！经费是导师的，课题是自己的。画图的目的不仅仅在于展示，而是在于探索。

很多人以为，R的图层语法实现，即常说的ggplot2是用来画好看图片的！错！大错特错。ggplot2走的是探索式绘图，最强大的根本不是画好看图片，而是支持数据探索。

回到主题，我写火山图功能，当然可以让所有人都快速且高效的出图，但是我的主要目的并没有变化---仍然是数据探索。

所有人都高效绘制火山图

  1. 打开TBtools，找到火山图绘制功能

  2. 10秒完成火山图绘制
    通常情况下，我们会准备为以下格式，并保存为txt文本文件。其中第一列是GeneID，第二列是Log2FoldChange值，第三列是pvalue。列以制表符分隔。

    如果你准备好了这个数据，那么就放到拖拽并放置到TBtools里面

    随后点击Start即可

    出图后，Ctrl+S保存图片。

  1. 初级操作
    很多时候，我们会通过各种方式获得基因差异表达分析结果，但是每次都要整理三列表格，那不是纯粹浪费时间吗？比如下面这种

那么这个时候，在输入数据的主界面调整下对应的列索引就可以了

当然，如果你并没有Log2FoldChange值，只有FoldChange，那么勾选这个，程序会帮你取个log2

出图结果，当然一样，参考上图

基本的图片参数控制

如果只是输出这么一张固定模式的图，那么起始，不如用Excel来得快。所以图片是可以调整的。
点击“Show Control Panel”，跳转图片绘制控制参数，

参数太多，这里不做一一解释。事实上，所有GUI工具，唯一的使用手册就是鼠标乱试一遍。
比如，调整pvalue和foldChange阈值

当然，有两个参数是需要解释一下的。
比如，你想标记出表达变化最明显的前10个到底是谁？

或者你想标记出你感兴趣的基因,
那么你应该先准备基因的ID列表，如下

随后从参数界面中，点击Highlight Genes按钮

结果当然没问题

图片是交互的

自从我实现了JIGplot，并将其应用到TBtools之后，TBtools的所有图片，起始都是可交互的。
也就是说，当然你把鼠标移动到某一个点时，你可以看到这个点的信息，

当然，你可以对某个点进行右键菜单调整，

甚至，你还可以直接搜索

比如查看这个基因的数个转录本都到哪里

鼠标滚轮放大，查看具体细节

不仅于此

前述提到，探索数据才是我们的根本目的。所以，事实上，只要你双击某个点。

你再双击一个你觉得好看的点，于是会得到

所以，你发现这事实上是一个表格筛选工具！！！

你成功地筛选出来两个候选基因！

写在最后

...赶车去了，就不写了。
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园艺植物小分子RNA与基因组研究-夏瑞课题组

课题组主页：http://xialab.scau.edu.cn/

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