FancyHeatmap，支持输出嵌入网站了！

开篇主题，FancyHeatmap支持HTML输出，可嵌入已有数据库浏览器框架！

写在前面

FancyHeatmap，是我给TBtools中“卡通式热图”命的名字。前述，在公众号上，我已经推出了这个功能相关的新手教程。在后续，我也发现有不少人已经应用：

  1. 在小麦上

  2. 在拟南芥上

  3. 在花生上

  4. 在小米上

  5. 在荔枝上
    ....【注：均尚未发表，故不截图....】

用的人确实还是不会太少的。

为啥写FancyHeatmap

这是一种更为直观的表达量探索工具。相比于常规的热图，“卡通式热图”更符合人的直觉。当然，看起来也有趣一点。事实上，这个功能是“芯片盛行年代”时，就已经有人提出来了。他们发表了“eFP browser”文章。这是一个数据库框架，主要是方便别人搭建这类“卡通式热图”的网页数据库。然而...说实话，我第一次尝试部署作者提供的框架式，花了不只三天。主要问题是：

  1. 需要对网站部署和linux运维有基本认知，如果是要搭建数据库，那么这个觉悟是有的；如果只是想使用卡通式热图探索下表达量的多数人，那么花力气在数据库搭建上，确实得不偿失。

  2. 框架的依赖复杂，而且都是旧版本（我最后使用docker centOS 6 ...以及一些麻烦的调整才搞定的）

  3. MySQL~~~

  4. 原本是用于芯片的，对于FPKM数值，需要修改脚本
    ....

综上，让我再碰这个数据库框架是不可能的。于是有一天，我开发JIGplot的过程中，灵机一动，实现一个ImageEle用于加载图片，不就行了吗？这个应该很简单啊。
很快，实现了FancyHeatmap第一版，需要的是三个文件：

  1. ColorCode2Sample.tab

  2. GeneExp.tab

  3. Image.tga

【注：可以看到，放大之后，图片失真】

非常简单。我之前也写过详细的教程在公众号《生信札记》上。而这个版本【注：第一版】也就是上述其他人所使用的版本。

支持SVG输入，得到矢量图输出和更多的交互式分析

第一版的FancyHeatmap，虽然比较多人使用。但是他存在一个致命的缺点：使用TGA格式的图片作为输入。TGA当然好，只是毕竟位图。图片输出的分辨率已经确定，带来两个问题：

  1. 无法提供良好的后续图片编辑功能，好的文章，往往一个Figure有几个Sub Figures

  2. 输出的图片用于网站，无法良好的应对缩放

Sad。我当然知道eFP browser似乎并没有想法去实现矢量图输入与输出。但是这个没关系啊。于是我进一步开发JIGplot，提供一个SVGtoJIGSubPanel的功能。换句话说，只要将SVG对象转换成JIGplot引擎的对象，那么我就可做任意我想做的操纵。Tada!
于是，FancyHeatmap比eFP browser又多了一个功能【前述：方便也是一个超越】，实现了矢量图输入与输出。当然，不仅如此。
既然不再是ImageEle，而是JIGElement的组合，那么我们可以直接在每个JIGElement上加动作，实现更多的交互分析可能。

支持HTML输出，可嵌入数据库类网站

Emmm... 事实上，自从TBtools推出FancyHeatmap的功能之后，不时有人联系过来。其中大半部分人其实是想在他们的数据库中嵌入这一功能。
前述已经提到，eFP browser本身就是做这个事情的，但我个人认为 ，除非公司层面也准备好了docker镜像，否则搭建成本一定很高。更不说docker image是否能够实现eFP browser的Sub HTML。Anyway，专门帮别人搭建数据库的公司还是有的，只要收费合理【注：个人估计2万以上是合理收费】，还是有不少公司愿意做的。
于是，我也收到了一些寻求合作的邮件，当然最后直接将合作转交给课题组的师弟去负责【注：很多时候，我并没有时间掺和也不想掺和】。
但是 ，刚才也提到了。目前无论是eFP Browser还是FancyHeatmap的已有应用，使用的都是第一版本：

  1. 位图输出，缩放失真

  2. 无法良好交互

FancyHeatMap的第二版使用SVG输入，已经搞定这些事情。然而，毕竟是Desktop Application。要搬到浏览器上面，JavaApplet....已经被时代所抛弃。于是，我今天灵机一动，搞个HTML输出不就行了吗？
三下五除二，【边带娃，边Coding】，很快，就实现了。

可以看到，完美！作为一个HTML文件，他就可以直接嵌入到其他任何已有数据库框架。另外，我还非常友好地提供了DIY的方式。

也就是，只要用SampleID，写一点JavaScript代码，你想怎么交互，那么就是你的事情....

于是，TBtools的FancyHeatMap从某意义上来说，似乎更有用了一些了。

写在最后

Emmm... 过去的两三个月，似乎一直没有Coding。暂时来说，Java似乎有点生疏了，当然perl估计也差不多，JavaScript...说实话，我又看了大半个小时的语法，才写的....

OKay，推送就写这么多了。最近在忙毕业的事情，也没太多时间整有的没的。基本上，关于FancyHeatmap，自己折腾的人不少哈。这样挺好的。
而如果是寻求合作，建议直接联系我目前所在课题组PI，

夏瑞教授 rxia@scau.edu.cn

如果你执意要跟我联系，那么也没问题，

CJ: ccj0410@gmail.com

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