全基因组重测序揭示茶树两个变种遗传多样性及适应性进化的差异

Revealing Distinctions in Genetic Diversity and Adaptive Evolution Between Two Varieties of Camellia sinensis by Whole-Genome Resequencing
全基因组重测序揭示茶树两个变种遗传多样性及适应性进化的差异
*Frontiers in Plant Science

中国种茶树（CSS）和阿萨姆茶树（CSA）是两个最重要的经济茶树变种。它们具有不同的特征和地理分布。它们的遗传多样性和分化尚不清楚。在这里，作者通过对30个栽培种和3个野生种进行了全基因组重测序，确定了18,903,625个单核苷酸多态性（SNP）和7,314,133个插入-缺失突变（indels）。种群结构和系统树分析将栽培种分为CSS和CSA，分别包含6,440,419和6,176,510个独特变异。 CSS亚组具有较高的遗传多样性，并富含稀有等位基因。 CSA亚组具有更多的非同义突变，并且可能经历了更大程度的平衡选择。进化速率（dN / dS）和KEGG富集表明，在CSS和CSA亚群中都积极选择了涉及风味物质合成和代谢的基因。但是，两个亚组之间存在广泛的基因组分化区域（2959个bin，大小约为148 M）。与CSA（141个选定区域包含124个基因）相比，CSS子组（830个选定区域包含687个基因）显示了更多与环境适应性相关的选择区域。开发了53对多态插入/缺失标记。在两个培养的亚组中，一些标记位于激素相关基因中，具有不同的等位基因。这些确定的变异和选定的区域为茶品种的分化和适应性进化提供了线索。新开发的插入缺失标记在茶树的进一步遗传研究中将是有价值的。