Upset plot展示韦恩图

前文写道:对于集合的可视化,大多数使用的是韦恩图。一般集合不超过5个的时候,韦恩图可视化效果往往还是很不错的(无论是视觉效果,还是理解数据)。对于多余5个集合的数据,建议使用集合可视化神包:UpSetR

install.packages("UpSetR")library(UpSetR)
a <- list(A=-10:5,B=2:8,C=3:11,D=4:20,E=5:30)upset(fromList(a))
upset(fromList(a), sets.bar.color = c("red","blue","black","yellow"), nsets = 4, nintersects = 7, mb.ratio = c(0.7, 0.3), order.by = c("freq", "degree"), decreasing = c(TRUE,FALSE))
#sets.bar.color: 设定集合的颜色#nsets: 最多展示多少个集合数据。默认全显示。#nintersects: 展示多少交集。#mb.ratio:条形图和点点图的比例。#order.by:交集如何排序。这里先根据freq,然后根据degree#decreasing:变量如何排序。这里表示freq降序,degree升序#例子中的后面这两个参数设置和默认时的设置是一样的。

‍上面只介绍了一种数据类型:fromList,

当然还有table,fromExpression。我个人认为hai时是frmList最好用。

其中table格式需要你自己整理好每个元素属于哪个类别(set),属于就为1,不属于,就为0.这里不再展示。fromExpression格式要求统计好每个交集中的元素个数。

(0)

相关推荐

  • 当韦恩图和upset都不能满足我的可视化要求

    当韦恩图和upset都不能满足我的可视化要求

  • 画韦恩图,不能缺少这个工具

    工具网址:http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ 登陆进去后,就是如下图的界面: 我们可以选择上传文件,也可以选择粘贴内容 例如我要取两个数 ...

  • 英国学校这种“把善意可视化”的方式,值得我们学习借鉴!

    这周六,安可同学丞丞(Kevin)的妈妈知道安可姥姥姥爷来英国了,就邀请我们去他们家做客.之前我的一篇文章说到丞丞妈妈和我都是湖北人,而且我们很多理念都一致,所以两家来往比较多.不过这一次,我发现了& ...

  • R语言主题模型LDA评估公司面临的风险领域与可视化

    原文链接:http://tecdat.cn/?p=17996 介绍 随着越来越多的数据被数字化,获取信息变得越来越困难.我们在本文中重点关注的一个示例是评估公司面临的不同风险领域. 为此,我们参考公司 ...

  • 韦恩图绘制工具推荐

    在数据可视化的时候,对于两个分类或者多个数据集来进行交集和并集可视化经常要用到韦恩图(Venn)来进行展示.对于韦恩图可视化,网上还是有很多相关的工具的.但是韦恩图绘制工具的,图形调整度没那么自由,进 ...

  • 所有人!瞬间掌握-无限个列表的-‘韦恩图’(Venn)绘制!

    写在前面 <-零命令行-生信下游数据分析>的第四帖主题,定为韦恩图绘制 总的来说,凡是相对不简单的分析,无论是否涉及到组学数据,韦恩图(Venn)都是常见的操作之一. 目前关于韦恩图绘制, ...

  • UpSet|多集合可视化,韦恩图?upSet!

    介绍一个R包UpSetR,专门用来集合可视化,当多集合的韦恩图不容易看的时候,就是它大展身手的时候了. 一 载入R包 数据 #安装及加载R包#install.packages("UpSetR ...

  • 技术贴 | 快速绘制韦恩图——TBtool

    本文由沐子星根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 韦恩图是科研中常见的一种图形,直观的展示出两组或者多组数据集之间的关系(交集和并集).今天推荐一款做韦恩图的软件-- ...

  • 韦恩图的在线绘制网站,必备!

    看到下面这个图,想必大家不会陌生,都能想到是韦恩图嘛,毕竟是科研文章中最常见的图形了,可以表示多个数据集之间的交互作用.但是具体怎么画呢?很复杂吗?其实不需要用R语言,只要几个简单的在线网站就可以搞定 ...

  • 画韦恩图那么容易,为什么拿到指定元素却有问题

    学员交流群有提问,说他虽然会绘制韦恩图了,但是想提取图中指定的元素,自己弄的代码非常笨拙,感觉是R语言学的不够好,希望我可以秀一秀高阶代码.恰好今天没有什么可以分享的,就写这个教程吧! 首先设置4个随 ...

  • PPT展示多图怎么办?试试轮播图效果

    @三水 hello,大家好,这里是珞珈老师,我是三水. 要展示多张图片的时候,很多同学不知道该怎么处理,觉得无论怎么排都不好看. 这个时候你可以尝试做一个轮播图效果,可以帮助你解决多图展示排版难题. ...

  • WonderfulVenn - 操作简便到极致的可交互的韦恩图工具,支持2~6个集合

    只要拖拖拖,就能画Venn,支持最高6组数据, 还能交互操作. 写在前面 今天在测序行业爆料微信群,看到有两三人推了Venn图绘制的R包,强大,无话可说.见Y蜀黍公众号.但是相比之下,R包是需要使用者 ...

  • 韦恩图(5 group)

    上图来源于:2013年Nature的文章<Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu> 在刚接触转录组,准备 ...