数据库数据 | TCGA数据库33种癌症的 transcriptome profiling (RNA-Seq) 数据

该数据是我自己下载整理过的数据。

下载日期:2021年7月12日

下载方式:TCGAbiolinks包

数据类型:RData

变量名称:expDataTPM

> ##加载数据,数据对象是一个数据框,变量名称是:expDataTPM> load("processedTCGAdata/TCGA-RNASeq-TPM/TCGA-ACC_RNASeq_TPM.RData")> head(expDataTPM)[,1:3] TCGA-OR-A5JJ-01A-11R-A29S-07 TCGA-OR-A5LT-01A-11R-A29S-07 TCGA-OR-A5LH-01A-11R-A29S-07TSPAN6 57.83159172 64.883481 13.1920993TNMD 0.05062098 0.000000 0.6890431DPM1 321.27250899 148.384435 114.2315919SCYL3 6.57160741 6.687236 7.3564339C1orf112 2.54046551 3.105887 1.5935638FGR 2.83865069 2.317543 2.1897053

后台回复:TCGA-RNASeq,下载。


往期文章

一.Linux笔记

Linux笔记【001】| 初识Linux

Linux笔记【002】| 远程登录服务器软件:MobXterm与FileZilla

Linux笔记【003】| Linux系统目录结构与基本命令

Linux笔记【004】| 文件/文件夹的基本操作命令

Linux笔记【005】| vim编辑器使用教程

Linux笔记【006】| 用户及用户组

Linux笔记【007】| 文件/文件夹属性设置

Linux笔记【008】| 文件系统与文件压缩

Linux笔记【009】| 文本操作神器

Linux笔记【010】| Linux的运行模式与网卡设置

Linux笔记【011】| 腾讯CentOS云服务器挂载云硬盘与硬盘分区

二.R语言语法基础

第01章:R语言简介

第02章:R语言安装和下载

第02章:RStudio的使用教程

第03章:R中的数据

(1):从存储角度划分

(2):从结构角度划分(向量)

(3):从结构角度划分(矩阵)

(4):从结构角度划分(数组)

(5):从结构角度划分(数据框)

(6):从结构角度划分(列表)

(7):从结构角度划分(因子)

(8):数据之间的转换

第04章:字符串操作与正则表达式

第05章:判断语句

第06章:循环语句

第07章:操作系统文件

第08章:数据的输入与输出

第09章:数据的预处理与重构(1)

数据的预处理与重构(2)

数据的预处理与重构(3)

第10章:函数

第11章:R中的网络爬虫

第12章:面向对象编程(S3类与S4类)

三.R绘图笔记

01. R绘图笔记 | R语言绘图系统与常见绘图函数及参数

02. R绘图笔记 | 一般的散点图绘制

03. R绘图笔记 | 柱状图绘制

04. R绘图笔记 | 直方图和核密度估计图的绘制

05. R绘图笔记 | 二维散点图与统计直方图组合

06. R绘图笔记 | 散点分布图与柱形分布图

07. R绘图笔记 | 箱形图的绘制

08. R绘图笔记 | 小提琴图与漂亮的云雨图绘制

09. R绘图笔记 | 带抖动散点的多数据系列箱型图

10. R绘图笔记 | 热图的绘制

11. R绘图笔记 | 生存曲线的绘制

12. R绘图笔记 | 火山图的绘制

13. R语言数据可视化——解读ggplot2绘图思想视频教程

14. R绘图笔记 | 词云图的绘制

15. R绘图笔记 | GO-BP,GO-MF,GO-CC绘制在同一个柱状图中

四.R与统计

第1章:数据预处理(1)——缺失值处理

第1章:数据预处理(2)——缺失值常用的处理方法

第1章:数据预处理(3)——数据整理

第2章:统计学基础(视频)

第3章:R语言绘图基础(看上一部分文章)

第4章:回归分析(1)——一元回归分析

第4章:回归分析(2)——多元线性回归

第4章:回归分析(3)——变量的选择

第4章:回归分析(4)——logistic回归

第5章:方差分析(1)——单因素方差分析

第5章:方差分析(2)——多因素方差分析

第5章:方差分析(3)——协方差分析

第6章:主成分分析(1)——主成分分析概论

第6章:主成分分析(2)——案例讲解

第7章:因子分析

第8章:判别分析(1)——距离判别法

第8章:判别分析(2)——贝叶斯(Bayes)判别分析

第8章:判别分析(3)——费歇尔(Fisher)判别分析

第9章:聚类分析(1)——动态聚类

第9章:聚类分析(2)——层次聚类

五.文献笔记

001.HOXC11作为一种新的致癌基因在人结肠癌和肾透明细胞癌中发挥作用

002.在基底细胞样乳腺癌中,ANXA4通过与ANXA1相互作用激活JAK-STAT3信号通路

003.ANXA8在胃癌中的预后价值

004.TIMER2.0用于分析肿瘤免疫细胞浸润

005.KLF7:高级别浆液性卵巢癌新的候选生物标志物和治疗靶点

006.胰腺导管腺癌的免疫细胞浸润及其临床意义

六.分子对接

01. 分子对接教程 | (1) 软件安装准备

02. 分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体

03. 分子对接教程 | (3) 配体分子文件格式转换

04. 分子对接教程 | (4) 蛋白受体文件的预处理

05. 分子对接教程 | (5) 配体小分子的预处理

06. 分子对接教程 | (6) AutoDock对接操作与对接结果解读

07. 分子对接教程 | (7) AutoDock对接中易错问题

08. 分子对接教程 | (8) PyMOL可视化对接结果

七.生信在线分析工具

001. 生信工具 | TCGA数据分析工具GEPIA最新更新,用于免疫细胞浸润分析

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