基因云告诉你肿瘤基因检测必须知道的十个问题

肿瘤基因检测,对于业内人士来说,从来就不是什么“高大尚”的技术;但是,对于医生或患者来说,那可就真的是“既熟悉又陌生”的高科技技术!如何能让医生或患者通俗易懂的了解肿瘤基因检测,那可真是一门技术活,毕竟市场的教育还不够!

今天,小编先跟大家分享关于肿瘤基因检测的十个问题,希望能对大家有所帮助!

1,大家经常说肿瘤基因检测,那么什么是肿瘤基因检测呢?

末日世界归来,重燃热血!捍卫你的荣耀!

广告

基因Talks:肿瘤基因检测,顾名思义,就是针对与肿瘤相关的基因进行检测的一门技术。目前的市场上,肿瘤基因检测的产品方向主要有以下几种:

1,肿瘤易感基因检测:主要检测遗传多态性,这类产品的特点是频率高,致病性低,通常不直接致病,而是增加患病的风险;

2,遗传性肿瘤基因检测:主要检测胚系突变,这类产品的特点是频率低,致病性高,一旦携带有这种突变,则得病的概率非常高,可能在50%以上,甚至于100%;

3,肿瘤精准用药基因检测:主要包括化疗、靶向及免疫等药物。化疗药物基因检测比较简单,主要检测人体正常细胞的基因多态性(除了肿瘤组织的基因表达量),而不是测肿瘤细胞的基因突变,所以化疗药物基因检测还不能算是完全意义上的精准医疗,因为没有涉及对肿瘤细胞基因突变的分析;靶向药物基因检测通常会检测肿瘤信号通路中特定基因的点突变/插入缺失/拷贝数变异/融合(结构变异)情况,从而找到对特定患者有效的药物或方案,算是真正意义上的精准医疗;免疫药物基因检测主要还是检测与免疫治疗相关的生物标志物,比如TMB,PD-L1,MSI,MMR,HLA等,以期指导免疫治疗;

展开剩余81%

4,肿瘤早期筛查基因检测:通过液体活检技术对ctDNA(甲基化)进行检测,在肿瘤早期或超早期的时候就能够发现基因水平的变化,从而达到早筛查,早发现,早诊断及早治疗的目的;

5,肿瘤预后预测、疗效评估等基因检测...

2,说到肿瘤基因检测,大家必定会说到 panel,那么panel到底是个啥东西?

基因Talks:Panel 其实是NGS(二代测序,高通量测序技术)技术发展起来的一个词语,主要指同时检测多个基因、多个位点。基因检测的 Panel 官方称之为“基因包”,也可以称之为“基因组合”,商业化的市场习惯称之为“基因套餐”。

就基因 Panel 本身来说,其实并没有指明所检测的基因数目应该是多少。几个基因可以是一个 Panel,几十个基因也可以是一个 Panel,几百上千个基因也可以是一个 Panel。就 Panel大小来说,不仅需要看检测基因的数目,还需要看基因所覆盖的区域大小。

3,说到肿瘤基因检测Panel,通常都会提及 测序覆盖度、测序深度、有效测序深度、灵敏度、特异性、检测限,这些到底是个啥?

基因Talks:测序覆盖度指测序获得的序列占整个 panel 基因组 size 比例。由于 Panel 基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在,测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域,这部分没有获得的区域就称为Gap。比如一个肿瘤panel测序,覆盖度是99%的话,那么还有1%的序列区域是没有通过测序获得的,Gap就是1%。

测序深度指测序得到的总碱基数/待测基因组大小,它是评价测序量的指标之一。假设一个 panel 的 size 为 2.0M,测序深度为 500X,那么获得的总数据量为 1.0G。它的测序深度=总数据量 1.0G/panel 大小 2.0M=500X)。

有效测序深度:不等同于测序深度,是指可信的去除重复序列(dup)后目标区域的平均深度。比如 2.0M 的 Panel Size,下机数据量1.0G,有50%数据落在目标区域(on target),50%为重复序列,那么其测序深度为500X (1.0G/2.0M),有效深度仅为125X(1G*50%*50%/2.0M)。

灵敏度( sensitivity) :指患者中试验阳性者所占比例。对应假阴性率。计算公式:灵敏度( Sen)=a/( a c) % 。

特异度( specificity) :指没有患病的人中试验阴性者所占比例。对应假阳性率。计算公式:特异度( Spe)=d/ ( b d) % 。

灵敏度和特异性计算参考表

检出限(LOD):Limit of detection,是指样品中分析物可被检出的最低的含量,此项指标体现了试剂检测的分析灵敏度。

4,提高测序深度会不会提高检出限(LOD)?

基因Talks:提高测序深度可以增加检测灵敏度、特异性,同时提高检出限,但不能突破极限检出限。在DNA量一定的情况下,满足一定量测序深度后,检出限存在理论极限值,单纯通过增加测序深度并不能降低检出限,盲目加大测序深度只会产生更多的重复(duplication),造成数据浪费,所以测序深度并非越深越好。比如 ctDNA上样量为 33ng(10000拷贝),文库构建转化率50%,就是5000个拷贝,测序深度增加再深,理论上最多也只能测出5000个拷贝,LOD也不可能达到万分之一的。

5,肿瘤基因检测技术中,对于Reads,Raw Reads及Clean Reads是如何进行理解的?

基因Talks:Reads:高通量测序平台产生的序列就称为reads。

Raw Reads:原始下机数据称为Raw Reads(Raw data)。

Clean Reads:通过生物信息的方法,去除一些质量差的reads(比如测序错误,长度小于20的reads,接头序列,UMI序列等),得到Clean Reads(Clean data)。

6,肿瘤基因检测,对于新鲜组织、石蜡切片、胸腹水、外周血样本类型应该如何选择呢?

基因Talks:毋庸置疑,组织应该是金标准,有组织的情况下,肯定组织优先。按照检出率的话,新鲜组织>石蜡切片>胸腹水上清>胸腹水细胞>外周血。不过做肿瘤基因检测的话,最主要的还是要考虑临床取样的便捷性!

7,无法取到组织的时候,什么情况下才适合用外周血进行基因检测呢?

基因Talks:无法取得组织的话,最好是临床处于中晚期(临床III期后)的患者才适合用外周血进行基因检测,同时,外周血ctDNA检测最好是在没有经过任何治疗之前进行采血检测,放化疗和靶向治疗均会对外周血ctDNA检测结果产生影响。

8,在使用肿瘤大panel做肿瘤用药或TMB检测的时候,是否需要提供外周血作为对照呢?

基因Talks:最好提供外周血进行对照,这样可以确保检测出的基因变异都是肿瘤细胞特有的。有的公司是通过公共的SNP数据库进行过滤,比如1000g,ExAC_ALL,gnomAD,这些SNP数据其实绝大多数都是外国人的,中国人群自己的SNP数据则是非常少的,如果保证种系变异能够精准的过滤,最好还是提供外周血作一个对照吧!

9,做肿瘤基因检测的话,是不是panel越大越好呢?

基因Talks:其实,每种肿瘤基因检测产品(大中小panel)都有自己的优势,在真正选择产品的时候建议大家根据经济条件及患者的情况来选择。比如刚确诊的时候,可以选择几个/几十个基因的panel来进行检测。但是如果晚期多处转移的时候,尤其是耐药的患者,基因突变比较复杂紊乱,可以选择更大的基因panel去检测。如果需要进行免疫治疗,想检查TMB,MSI及MMR的情况,也可以选择大panel进行检测,总之一句话,根据具体的情况来吧,比如肿瘤的类型,检测的目的及意义,经济压力,消费能力等。

10,是不是所有的靶向药在用药前都需要做肿瘤基因检测?

基因Talks:不是的,这个之前也说过很多次。目前有接近一半的的靶向药,比如CDK4/6靶点的靶向药,索拉非尼、瑞戈非尼、卡博替尼等多靶点的抗血管生成靶向药物,使用前无需做基因检测。大家也可以去翻阅 2018年9月21日,国家卫健委(原国家卫计委)发布的《新型抗肿瘤药物临床应用指导远侧(2018年版)》。

不过,对于有明确疗效/耐药靶点的药物,须遵循基因检测后才可使用!不得在未做相关基因检测的情况下盲目用药哦!!!

(0)

相关推荐

  • 新思路!标志物居然还能这样做!

    Xenotransplantation (IF=3.484) 上的一篇文章:"Epigenetic biomarkers indicate islet cell death in xenot ...

  • 安捷伦 靶向序列捕获试剂盒,你值得拥有

    SURESELECTXT HS 靶向序列捕获 SURESELECTXT HS  什么是SURESELECTXT HS ? SureSelectXT HS 试剂盒作为安捷伦灵敏度高的杂交捕获型文库制备和 ...

  • 如何理性、高效地应用 NGS?听听协和王京岚教授怎么说!

    NGS 是近几年新兴并且火热的话题,受到各方重视和追捧.在近日举办的协和呼吸病学峰会上,来自北京协和医院的王京岚教授发表了题为<呼吸危重症科医生眼中的 NGS>的专题报告.王教授结合科室真 ...

  • 癌症患者做基因检测,血液能代替组织吗?

    近年来,随着检测技术的发展,血液检测逐渐进入了患者的视野,与此同时,"五花八门"的血液检测技术和专业名词.层出不穷的文章和报道更是让患者眼花缭乱,陷入检测困惑之中. 一.为什么可以 ...

  • 5大分子诊断技术解析(建议收藏)

    供  稿:体外诊断学院   来 源:IVD销售实战课堂 据相关行业调研数据,截至日前,新型冠状病毒核酸检测试剂盒研发企业已超过120家,底层技术应用原理大都是以基因扩增技术打底.而这背后所折射出来的, ...

  • 如何做好肠癌早期筛查

    2018年2月,国家癌症中心发布了最新一期的全国癌症统计数据.该报告根据2017年全国各登记处上报的2014年恶性肿瘤登记资料进行分析,共覆盖人口2882万人(包括男性男性1462万人,女性1420万 ...

  • 【建议收藏】肿瘤基因检测必须知道的 10 问 10 答

    肿瘤基因检测,对于业内人士来说,从来就不是什么"高大尚"的技术:但是,对于医生或患者来说,那可就真的是"既熟悉又陌生"的高科技技术!如何能让医生或患者通俗易懂的 ...

  • 专访 | 燃石医学揣少坤:肿瘤基因检测行业进入下半场,燃石将以质量和技术取胜

    "过去十年见证了国家的崛起.生物行业的崛起.女性的崛起.我相信未来无论是社会的发展,还是行业的发展,会给女性更大的空间,因为我们能够创造更大的价值,值得更多的发展空间",对于入榜 ...

  • 哪些人需要做「肿瘤基因检测」?一张表了解你的患癌风险

    不少人第一次知道"肿瘤基因检测",是从好莱坞女星安吉丽娜·朱莉因检出 BRCA1 基因突变,接受预防性乳腺切除以降低患癌风险开始的.2013年,好莱坞知名女星安吉丽娜朱莉在Pink ...

  • 泛生子在纳斯达克上市 发力肿瘤基因检测

    美国时间6月19日周五上午,北京泛生子基因科技有限公司(简称"泛生子")正式登陆纳斯达克(代码:GTH).此次IPO募资约2.6亿美元,按绿鞋前计,这是目前最大规模癌症精准医学公司 ...

  • 一文读懂|肿瘤基因检测篇

    基因检测是一种通过血液.其他体液或细胞来检测DNA的技术.先从被检测者提取其外周血或组织细胞,然后将里面的基因信息扩增,再通过专业设备检测其中的DNA分子信息,分析基因类型和存在的基因缺陷,也可用作判 ...

  • 一文读懂肿瘤基因检测

    肿瘤基因检测 基因支持着生命的基本构造和性能,也是决定生命健康的内在因素.因此,利用先进的生物技术检测患者的基因突变情况,可更为精准地发现导致疾病的根本原因,从而为临床提供精准的诊疗依据,为患者提供个 ...

  • 干货收藏丨肿瘤基因检测必须知道的十问十答!

    肿瘤基因检测,对于业内人士来说,从来就不是什么"高大尚"的技术:但是,对于医生或患者来说,那可就真的是"既熟悉又陌生"的高科技技术!如何能让医生或患者通俗易懂的 ...

  • 早读 | 肿瘤基因检测常见问题,你遇到了吗?

    肿瘤与肿瘤间的异质性以及单个肿瘤内的异质性是目前肿瘤治疗的瓶颈之一.具体包括个体的异质性.不同肿瘤细胞类型的异质性.同一肿瘤细胞内的异质性等.肿瘤异质性会妨碍正确的肿瘤治疗.如果治疗仅仅关注于一小部分 ...

  • 陈根:肿瘤基因检测,前景与乱象齐飞

    文/陈根 基因支持着生命的基本构造和性能,也是决定生命健康的内在因素.因此,利用先进的生物技术检测患者的基因突变情况,可更为精准地发现导致疾病的根本原因,从而为临床提供精准的诊疗依据,为患者提供个性化 ...