遇事不慌,控制变量法帮助你

学习过TCGA数据挖掘课程的朋友们都应该是知道,可以使用GDC工具来进行TCGA数据下载,首先需要下载一个编译后的二进制可执行的GDC工具软件文件,简单的bing搜索就可以找到官方链接,如下:

链接在:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool

GDC工具官方下载链接

这个时候就有3个变量,首先是操作系统,可以是Windows,macOS,或者ubuntu这3个选项,然后是系统的python版本问题,可以是2.7或者3,假如你使用GDC工具来进行TCGA数据下载遇到了报错,就应该是知道可以从这两个方面去排查错误!

首先控制的变量是操纵系统

如果你是在Windows电脑报错,可以去macOS,或者ubuntu下载对应的软件去试试看, 假如你是在centos,会遇到如下报错:

centos操纵系统报错

其次需要控制的变量是python版本

比如,我在一个ubuntu的操作系统,然后下载对应python3的GDC工具,就顺利下载了:

成功的下载

如果两个变量测试ok还不能解决问题

还可以替换你的manifest文件,因为这个gdc工具是根据一个manifest文件来进行下载。如果更换了manifest文件仍然是无法下载成功,也有可能是你的网络问题, 可以跟网友求助,让大家测试你的代码。

当然,如何求助,又是另外的一些技巧了。

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