SeqLogo | 一键可视化 MEME Motifs 组图 / 开普饭

写在前面

三四年前，师弟师妹做家族鉴定时的操作姿势，我确实是看不下去。于是写了一个功能，输入 MEME Suite 输出的 XML 文件，一键绘制Motifs在序列上的分布情况，大体如下，

这个功能推出之后，发表论文中绝大部分相关可视化，均是 TBtools 输出。
可能是这一两年，MEME Suite 网站支持了PDF或SVG导出，但仍然存在问题：

只能输出可见窗口的，一般就是几条，而实际上用户输入往往有数十条序列；
美观和配色，确实有待提高。

具体不做展开。在 TBtools 相关功能的使用过程中，我们总会看到这些的用户需求，即Motifs在序列的分布上，我们要；Motifs的SeqLogo图，我们也要。如下，

例图略丑，但也可说明需求存在。对于这类图片的获取，相对麻烦。如果是网页版MEME Suite ，那么需要一个一个下载 SeqLogo，然后再手动拼起来...

此外，网页版的MEME Suite常常需要排队，而 TBtools 已经打包了本地化版的 MEME Suite，无论你是 Windows 还是 MacOS 用户，自己跑，往往更快（啊，TBtools又是独此一家）。

这个功能只支持 XML 输出，于是用户也无法查看到具体的Motif SeqLogos。

两三个需求推动，加上最近我试图做一些保守Motifs分析，这个图还是值得画一画。于是在QQ群发动了众筹开发。类似《小丫画图》，主要众筹 R语言可视化或AI等软件操作的公众号（感兴趣的，可自行搜索）。基于上车人数已达标，于是花了近乎三个小时，我才把功能实现（....老了）。

插件安装

于是有 TBtools 第三号插件，Batch MEME Motifs Viz。

开发这个插件的过程中，我对 Amazing SeqLogo 功能也做了优化，所以使用这个插件，需要更新 TBtools 到最新版本（即，使用新的 TBtools_JRE1.6.jar 替换程序主目录下的 TBtools_JRE1.6.jar）。此外，以管理员身份重新打开 TBtools 主程序并安装插件。