科研 | Mol. Plant:拟南芥蛋白质组图谱的重塑与蛋白质在发育和免疫中共同调节
编译：东方不赢，编辑：Emma、江舜尧。
原创微文，欢迎转发转载。
蛋白质组重塑是一种基础适应性反应。复合体蛋白质和功能性蛋白质通常是共表达的。研究者使用深度采样策略，将拟南芥组织核心蛋白质组定义为每个组织中约10,000个蛋白质，且在整个植物生命周期中量化近16,000个蛋白质（单细胞的拷贝数）。整体翻译后修饰蛋白质组学中发现了氨基酸的交换现象，说明了真核生物中可能存在翻译的不忠。蛋白质丰度的相关性分析揭示了光合作用、种子发育以及衰老和脱落调节中，存在可能组织/年龄特异性转录信号传导模块。另外， 本研究数据表明RD26和其他NAC转录因子具有在种子发育中与耐干旱相关的潜在功能，富含半胱氨酸的受体激酶CRK可以作为衰老中ROS传感器。核糖体生物发生因子（RBF）复合体的所有组分均以组织、年龄特异的方式共表达，表明拟南芥中这些研究较少的复合体蛋白质组装时功能混杂。本研究用flg22处理了拟南芥幼苗16小时，分析鉴定了基础免疫反应中蛋白质组结构的特征。在flg22处理后1、3和16小时，结合平行反应监测（PRM）靶向蛋白质组学，植物激素、氨基酸组分分析和转录本测量获取了一个全面的结果。研究者发现， JA和JA-Ile水平抑制是通过MYC2（茉莉酸敏感物质1）控制下的IAR3（IAA-ALA抗体3）和JOX2（茉莉酸诱导的加氧酶2）的解共轭和羟基化作用。这个JA触发的免疫反应调节机制从未被报道，尚未得到充分研究。本研究生成的数据集广泛覆盖了不同条件中的拟南芥蛋白质组，为相关研究提供了丰富资源。
论文ID
co-regulation of proteins in development and immunity
实验设计
实验结果
1. 深度蛋白质组学研究方法
因为要对拟南几种组织（组织分别为根，叶，茎生叶，茎，花和角果/种子以及7天至93天衰老的整株植物幼苗）的不同生命阶段进行蛋白质组学测量，及测量用肽flg22处理PTI诱导的蛋白质组。研究者开发了一种能够在合理的时间范围内对植物进行深度采样的方法。首先从组织蛋白提取开始，然后进行复杂提取物的多步分级分离。分离方法为4％SDS蛋白质提取和溶胶LC-MS，结合SDS-PAGE蛋白分离和反相（RP）LC肽分离与ESI MS。
植物细胞壁需要严格的破坏技术，含有大量的次生代谢产物，油脂和蜡，且绿色组织中含有色素，核糖二磷酸羧化酶（RuBisCo），都会导致质谱分析难度加大，不明显信号受到抑制，检测不到低丰度蛋白质。
SDS-PAGE提取有以下优势：i）允许完全耗尽用于蛋白质提取的大量SDS。ii）在蛋白质下方的绿色低分子量带中聚集的颜料和小分子有效地将蛋白质隔开。iii）RuBisCo的大亚基和小亚基（RBCL和RBCS）迁移到两个突出的条带，以利于它们与其余蛋白质组分离。
将五个凝胶切片用胰蛋白酶进行凝胶消化，然后根据其成分的分子量分别注入LC-MS中。最丰富的植物蛋白（包括RBCL和RBCS）在叶和根中被分离成单个部分，从而减少了一过剩蛋白对肽和蛋白鉴定的抑制作用。由此鉴定出每个样品5977至9524个蛋白质组。
2. 拟南芥蛋白质组鉴定结果
整个研究共鉴定和定量了15926个拟南芥蛋白质，其中15845个蛋白质编码在核基因组中。核蛋白鉴定均匀分布在所有五个染色体上。用拟南芥发育研究中的蛋白质组学数据与转录组学数据进行了补充，后者使用微阵列测量了22157个核基因位点（包括1058个非蛋白质编码基因）上的基因表达。此蛋白质组学数据为质谱提供了60％-70％拟南芥核基因组或更多转录组的同源蛋白质信息，包括1886个未鉴定到转录本或不在微阵列上的蛋白质（图1 A和B）。
研究者还研究了阻碍拟南芥蛋白质组鉴定的原因。首先，缺失（未检测到）的蛋白质在转录本丰度范围内均匀分布（图1 C），表明转录本丰度不是阻碍蛋白质检测的主要因素。第二，有时会用基因的碱基长度替代蛋白质长度，而缺失的蛋白质已明显存在于检测到的蛋白质的分布中较小的基因（图1D），表明蛋白质大小是限制蛋白质检测的一个因素。然后，研究者检查了组织特异性蛋白质表达如何促进整个蛋白质组的累积表达（图1 F）。尽管每个组织都以大斜率形成了累积的蛋白质表达曲线，但也可以看出，随着样品数量的增加，曲线收敛于饱和状态。对于最后采样的经flg22处理的组织，情况也是如此，在该组织中，可以预计在正常发育的组织中未检测到大量免疫特异性蛋白的表达。这表明进一步采样拟南芥不会大大增加整个蛋白质组的覆盖范围。
图1 拟南芥蛋白质组的深度分析
A.将蛋白质表达映射到5个拟南芥核中染色体。从外到内的轨迹B. VENN图显示了同源转录本和蛋白质对蛋白质编码基因的覆盖率。C.转录物丰度与其相关蛋白的检测之间的关系D。以bp为单位的蛋白质编码基因大小与其相关蛋白质的检测之间的关系E.GO分析。F.不同组织处理后累计鉴定蛋白质增加G.通过蛋白质组学方法确定的每个细胞所有已鉴定蛋白拷贝数。H拟南芥蛋白质组中PTM的整体研究。
研究者对叶组织中每个细胞15927种蛋白质进行了定量分析。将总的组蛋白MS信号等同于细胞DNA的质量，从而可以将PSM转换为质量单位并计算总的细胞蛋白质量。然后可以将个体蛋白质与总蛋白质PSM的比率用于计算每个细胞的个体蛋白质拷贝数。计算得出的总细胞蛋白质质量为256.5 pg，来自细胞系与来自组织的量一致。蛋白质拷贝数的范围从每个细胞略低于100到2.29e + 07，超过5个数量级（图1G）。最丰富的蛋白质是RBCL，在叶片中具有4.73e +07个细胞拷贝。所有检测到的小亚基的总拷贝数为5.4e + 07，因此大亚基与小亚基的比率为0.876，接近1：1的比率。对蛋白质的基因本体分析表明，最不丰富的蛋白质为核蛋白和转录调控因子，膜跨膜蛋白和激酶的丰度也较低。
蛋白翻译后修饰（PTM）是蛋白功能的重要调节。使用深度蛋白质组学数据集，开放式搜索MS-Fragger算法对拟南芥中PTM进行研究。从超过1160万个识别出350万个PSM。在图1 H中显示了在至少一种组织类型或生理情况下，最丰富的PTM占总PSM的0.1％以上。通过诱导的PTM，自然发生丝氨酸或苏氨酸的磷酸化和N末端乙酰化修饰，影响约1.25％的总蛋白丰度。另外还检测到形成肽键的转肽反应，这是一种非翻译机制。此外，蛋白质一级结构常见氨基酸置换。
3. 组织结构和发育蛋白质组学研究
研究者利用MS数据来研究拟南芥生命周期中各个组织的蛋白质组以及共同调节。首先，研究者将数据进行组织分组，合并了莲座丛和茎生叶，进行了比较分析，每个蛋白质组包含约10,000种蛋白质。大约6,500种蛋白质在所有组织中无处不在，而每种组织都有500至600种蛋白质，叶除外，叶片显示出将近1,000种独特的蛋白质，这可能是由于大量聚集的叶子样本所致（图2A）。根中也缺少约1,000种蛋白质，但所有其他组织中都存在这种蛋白质，这反映了早生成地下组织生长特性。
PCA分析发现前两个主要成分几乎占总方差的50％，说明前两个主成分投影映了主要的数据结构（图2 B）。各个组织蛋白质组明显分开，只有花朵和花序茎在发育的同一时间（66天和73天）。更有趣的是，在所有采样的组织都可以见到发育基因，说明蛋白质组在衰老过程中重塑。层次聚类分析（HCL）证实了PCA结果。
为了详细研究在组织发育中蛋白质组的动力学与蛋白质共表达，采用一种抗噪性强的方法-称Fuzzy c-means（模糊c均值）聚类。结果产生了16个集群，其中7个（分别为3、4、7、8、10、11、13），其蛋白质丰度具有有意义的生物学变化。
4. 根部蛋白质组学研究
属于最大同一个集群的577种蛋白质是根部特异蛋白质，在任何其他发育阶段的其他组织中都不丰富或不存在（集群3，图2 C）。这些蛋白质的GO表明，它们中的许多都参与了与细胞外区域，金属结合以及氧化和还原有关的过程。之前有关于磷酸盐代谢文献报道过这些蛋白质的表达，两篇文章进行了比较，发现检测到的根总蛋白中约有70％也存在于之前文献。本研究中的两项研究之间的7577种蛋白质相交，从而定义在根中最丰富的核心蛋白质组。
图2 拟南芥的组织和发育特异性蛋白质组动态结构
A.拟南芥组织蛋白质组的定性比较。B.采样组织的深度蛋白质组学测量的主成分分析（PCA）。C. FCM集群3显示了仅在根部丰富的蛋白质。D. FCM集群7显示在种子发育中大量增加的蛋白质，并且仅存在于种子或长角果中（PQI为原始PSM）。E. FCM集群4。右图：基于STRING数据库的酵母和人体研究同源性产生的物理蛋白质相互作用网络。F. FCM集群13。
5. 种子蛋白质组学
集群7（图2 D）包含的蛋白质丰度在种子中增加。其中许多是种子富含的贮藏蛋白，例如油质蛋白，白蛋白，十字花科素以及糖和脂肪酸代谢酶。也检测并定量了许多调节种子发育的核心转录因子，磷酸酶和染色质修饰蛋白（图2 D）。PP2C POL介导WUS/ WOX5基因表达，对于早期胚胎，PLL1分生组织的建立和干细胞的维持至关重要。同样，AIL转录因子BBM和HDG1具有拮抗作用，以平衡干细胞的增殖和分化，AN3在PLETHORA1的上游决定子叶身份。已知在种子发育中起重要作用的ABA信号蛋白在集群7中的信号强度不足，这是因为它们不仅不止在种子中积累，且在两个测量阶段（发育绿色和成熟的棕色角果）中都积累。LEC1（种子发育诱导物），AREB3和EEL（控制种子早期成熟的bZIP转录因子），在发育早期同样高表达。同时在成熟种子检测到ABI5与ABA信号阻遏物，与AFP1的比率均都大于1，表明了较高的ABA水平，可以诱导和维持了棕色角果样品的种子休眠。诱导种子休眠所必需的DOG1蛋白和RDO5 PP2C，在成熟后种子蛋白质组中富集。许多其他PP2C蛋白也特别是在棕色长角果中积累了高水平的蛋白质。对于NAC转录因子进化枝其他成员也是如此，可能在种子发育和休眠中有潜在功能。
6. 核糖体蛋白的发育
集群4的315种蛋白质仅在幼根，幼茎和早期花/花蕾增加丰度较高，很多在花和花蕾随着发育的进行减少（图2 E）。多于半数蛋白质位于细胞核中，其中很大一部分与核仁和核糖体生物发生有关，含与WD40相互作用域，并且显着富集。其中之一是LEUNIG（LUG），它是转录发育的共抑制因子和花发育的主要调控因子。
使用STRING分析显示，集群4中18种与WD4之间存在潜在相互作用。UTP-B复合体的六个组成部分中的其中五个有组织和发育特异性表达（图2 E的原始丰度值）。该复合物与EDA7（可能的核糖体生物发生因子）有相互作用。NuGWD1是一种糖诱导的WD40蛋白，SLOW WALKER 1（SWA1）是SSU复合体的组成部分，并且在拟南芥中也被证明与多个UTP-B成员相互作用。SWA1不是WD40蛋白，但它的表达模式和丰度与集群4蛋白的表达模式非常相似。PeBoW复合物（WD40蛋白质包含的复合物）表达在根，幼芽和早期花/花蕾中均升高。具有这种表达模式的核糖体蛋白与其他核糖体相关蛋白之间的物理相互作用很明显。但是，集群4 RBF蛋白复合物表达模式保守得多。
另外分子伴侣在集群4蛋白中也高度显着富集。
7. 膜囊泡运输
一组153种蛋白质在根部富集，在衰老过程中增加，并在叶片中达到衰老的高峰，在由内花序茎和花中增加（集群13，图2 F）。这些蛋白质与囊泡运输，高尔基体和膜运输有关。它们包含许多囊外复合体成员，SNARE和肌动蛋白等细胞骨架蛋白。囊泡运输，细胞骨架重塑和组织是尖部生长细胞主要生理过程，在快速生长的组织（萌出的花序茎和花）中也很普遍。自噬在叶片和其他组织的衰老中起着重要作用。
8. 在光合作用的建立和维持中的蛋白质组
集群11和8几乎全部是叶绿体定位，是重要光合作用蛋白。要存在于绿色组织中，包括幼嫩叶和茎生叶，在根和成熟的棕色角果中不存在这类蛋白质。集群11蛋白质的丰度在7和10天大的幼苗和茎生幼叶的子叶中达到高峰，并在衰老过程中下降，而集群8蛋白质在整个植物生命周期中始终是高表达的，在莲座叶中有最大多于40天高表达衰老下降（图3A和B）。
图3 在光合作用的建立和维持以及光合作用装置的降解和叶片衰老中的蛋白质组重塑
A. FCM群集11。B. FCM集群8。C. FCM集群10。
集群11中的蛋白质主要在叶绿体生物发生和功能性光合作用机制的建立中起作用（图3 A），其他集群蛋白是类胡萝卜素合成中的相互作用伴侣。大约有30种集群蛋白为叶绿体特异性核糖体蛋白或与翻译有关，其中许多基因敲除突变体具有胚胎致死表型。CPN60和CPN10形成了一个相互作用体集群。对于叶绿体的生物发生至关重要，而组成Toc / Tic复合物的集群组分已知在年轻幼苗中表达最强。形成叶绿体内部分裂环的两个蛋白FtsZ1和FtsZ2也是集群成员。DAVID GO将集群蛋白定位到几个质体结构上，由此推测它们定位在叶绿体。
集群8主要包含在成熟叶绿体中普遍存在的与光合作用直接相关的蛋白质（图3 B），电子转移Cytb6f复合物和类囊体ATP合酶CF1的成分也在这个集群内。几乎Calvin-Benson循环的所有组成部分，以及与光呼吸有关的蛋白质都注释为功能相关分子伴侣（图3 B）。GO分析中的基质和碳代谢，类囊体和光合作用蛋白质组生成的的相互作用网络具有特异性，并显示出广泛的重叠，证明了从叶绿体提取蛋白质的质量很高。
9. 衰老中的蛋白质组
集群10包含241种蛋白质，其丰度在植物生命过程中大幅增加，并在叶片和花朵衰老和果实成熟期间达到高峰。它们在年轻组织中并不丰富（图3 C）。
衰老是一种受控的发育过程，需要分解叶片，进行养分转移和资源分配，使花瓣衰落。研究发现了许多参与叶绿素和类胡萝卜素降解的蛋白质，其中包括一种分解荧光叶绿素的关键酶。研究表明，非荧光二氧杂环丁烷型叶（NDCC）代表了叶绿素分解代谢的主要终产物，而NCC的细胞色素P450单加氧酶CYP89A9负责叶绿素积累。该蛋白与其他13种CYP的为集群成员。
衰老过程中会产生大量的ROS，必须清除以免导致组织损伤和细胞过早死亡。许多集群蛋白都参与了氧化还原过程和ROS清除，包括至关重要的胞质抗坏血酸过氧化物酶APX6。更有趣的是，一组重要的集群蛋白是激酶，其中六个（CRK7，CRK8，CRK10，CRK14，CRK21，CRK41）是富含半胱氨酸的受体样激酶（CRK）。ROS可能在信号传导中发挥重要作用，介导衰老过程中的基因重编程。CRK半胱氨酸硫醇基可能对氧化还原状态敏感，这些蛋白质可能在衰老中作为ROS传感器和ROS信号引发剂，具体机制未知。
受精后花器官的脱落是另一个重要衰老过程，典型的脱落信号传导模块的蛋白质在花和角果中累积（图3 C右图）。有趣的是，它们的丰度在叶片和茎生叶中也增加，叶片脱落没有固定时间，该脱落信号模块的功能未知。
10. 稳态中的蛋白质组重塑PTI
研究者进一步分析蛋白质组结构的快速变化，例如由从正常生长到免疫的稳态转变。将在液体培养中生长的7天和10天大的幼苗在培养基中以1 µMflg22处理16小时。Flg22是鞭毛蛋白N末端的22个氨基酸，可引发模式触发的免疫（PTI）。共鉴定出8344种蛋白质。HCL显示由于flg22处理，1774种蛋白质的丰度增加， 915种蛋白质的丰度降低。
通过使用MapMan软件将这些蛋白质进行分类，大多数为受体，信号传导和反应途径中蛋白质组重塑。flg22受体复合物的动力学定量显示，由于内化和降解导致FLS2丰度降低。囊泡运输和转运蛋白（包括囊泡和SNARE复合体成员）以及与早期呼吸爆发有关的蛋白（RBOHD）的含量增加。MAPK信号级联的组分丰度也略有增加。PTI信号所必需的钙依赖性蛋白激酶（CDPK），CPK 4、5和6，以及许多其他CDPK，钙调蛋（CAM）和CAM结合蛋白和钙调神经磷酸酶也略增加。有趣的是，几种蛋白质在PAMP被定位到植物免疫途径，例如效应触发免疫（ETI）和程序性细胞死亡（PCD）和系统获得性抗性（SAR），刺激后表现出丰度的变化。
图4 PTI中植物激素活性的蛋白质组学模型
该图显示了在茉莉酸酯（蓝色），色氨酸和IAA（绿色），次级防御化合物/吲哚芥子油苷（红色）的生物合成途径以及IAA和JA信号传导途径（紫色）中定量的蛋白质。测量的蛋白质名字为黑色，蛋白质名称旁边的条形图表示flg22处理后丰度的相对变化；数值是经过flg22处理的样品中z分数转化的原始#PSM的总和。未检测到蛋白质为灰色。红色核苷酸序列表示同源基因启动子区域中的ARF1结合位点，蓝色表示MYC2结合位点。实心箭头表示生化途径中的直接功能相互作用或紧邻的步骤。虚线箭头表示更多的远端相互作用。
研究者从进一步研究PTI中植物激素活性的蛋白质组模型（图4），在flg22处理16小时后，测量了植物激素，氨基酸和次生代谢产物。此外，基于时间的平行反应监测（PRM）的靶向蛋白质组学研究，对10天大拟南芥幼苗的三个样品池中的16小时flg22处理蛋白的倍数变化进行准确定量统计（图5）。PRM估算值与深度蛋白质组学定量分析完全吻合。
MapMan软件分析可得，在光合作用中起作用的43种蛋白质的丰度略有下降，其中15个属于光合作用的光反应，其中6个属于光系统II。其他蛋白质参与了碳反应-卡尔文-本森循环，在PRM研究中显示较小但显着的倍数变化，这些蛋白质相对丰度较小。这些结果表明，光合作用在PAMP触发时受到抑制，而在PTI中则相反。
flg22处理后，在植物初级代谢（尤其是碳水化合物代谢）中起作用的93种蛋白质的丰度增加。22个与糖酵解有关，19个与TCA周期有关，和6个与主要的CHO代谢有关。在PRM研究中，丰度的增加比光合作用相关蛋白的下调更明显。
图5 PRM的模型蛋白定量
11. 茉莉酸和水杨酸的交互网络
16小时处理的flg22导致水杨酸（SA）合成途径蛋白（ICS1）以及上游转录因子TCP8，TCP22，NTM1-Like9（NTL9）的丰度增加，游离SA水平增加3倍。JA（茉莉酸）和JA-Ile生物活性缀合物绝对水平变化很小。同时，OPDA的水平升高了4倍以上，ACC丰度增加了5倍以上。OPDA是一种主要的JA前体。ACC是一种乙烯前体。
JA生物合成途径中所有成分的蛋白质含量均升高，在PRM研究中得到证实。此外，核心JA受体复合物/信号蛋白COI1，TPR1至3和S相激酶相关蛋白1（SKP1）和CULLIN 1（CUL1）蛋白均显着增加。大量的参与植物激素，特别是JA、IAA活性调节的酶在暴露于PAMP后显着增加。flg22诱导的PTI优先诱导SA信号，非JA信号传导。JA合成和信号途径蛋白质丰度很高可能导致解偶联作用，且因为低水平的JA和JA-Ile本身，表明植物激素共轭可能在这种情况下起关键作用。
12. 生长素/IAA动态平衡
对许多与生长素/IAA结合的GH蛋白以及其他蛋白的检测来了解生长素在PTI中的作用。在flg22处理后，GH3.14，GH3.15和GH3.17的水平增加。GH3.14未显示任何重要的序列同源性，表明PTI中的功能未知。生长素/ IAA通过色氨酸途径合成，合成途径中所有蛋白质的丰度均显着提高，并且在PAMP处理16小时后色氨酸水平也升高了近2倍。
色氨酸途径激发与防御相关的次级代谢产物合成途径有关，尤其是吲哚芥子油苷（IGs）度都大大增加。IG本身水平，I3M，1MOI3M，4MOI3M都没有明显变化，推测它们被PEN2水解。研究者鉴定了可能与生长素/IAA合成途径有关的几种蛋白质丰度明显升高，然而生长素/ IAA水平略有下降。尽管生长素/ IAA的水平也没有实质性变化，但极性生长素转运蛋白的丰度却受到显着影响。PIN-FORMED 3（PIN3），PIN3在横向根部生长和向性有作用，丰度明显降低了2倍。影响侧根生长的（PIN7）明显减少。AUXIN RESISTANT 4（AXR4）蛋白，专门负责流入载体AUXIN RESISTANT 1（AUX1）略有提高。PIN3，PIN7和AUX1是极地生长素运输系统的主要组成部分，因此，稳定的PTI干扰了主动的细胞间生长素运输。
NIT2可能在R基因介导的抗生物营养性病原体的抗性和防御中参与IAA信号传导。研究测量的NIT4丰度增加了20倍以上，但具体功能未知。
13. PTI
JA，IAA和SA在建立SAR时按时间顺序起作用，而JA起作用较早。因此，研究者测量了激素水平1、3和16小时 OPR3（作为JA合成的标记），JOX2和COI1和TPR1（作为JA信号的标记）的转录水平（图6）。SA在1小时后积累，水平一直升高到16小时，JA和JA- Ile水平始终基本水平。在PAMP处理后1小时，OPDA水平增加，并保持升高，在PAMP暴露3小时后，OPR3转录物丰度增加了5.7倍，在16小时降低至基础水平。综上所述，这表明JA生物合成途径在PTI早期被诱导。
flg22处理后，JOX2转录组从3小时大幅提高了，一直保持高至16小时，在防御的早期阶段，通过羟基化重启JA合成。随着时间的推移，COI1和TPR1转录本的丰度没有明显变化，表明在缺少JA-Ile情况下几乎没有JA信号。
图6 flg22处理后1、3、16小时，植物激素定量
研究者在myc234在flg22处理后的植物激素的丰度。JASMONATE INSENSITIVE 1（MYC2）具有多种多样的调节功能，而三重敲除基本上没有功能上的冗余，而 SA高度积累。其丰度在1小时和3小时后显着下降，在16小时后增加了，这表明JA信号在PTI中的早期SA积累中起作用。
在整个过程中JA和JA-Ile的含量都大大增加。OPDA在突变体中也有所增加，其分布与野生型JA的相似，达到了flg22处理后三个小时4倍，表明JA生物合成途径的诱导和JA中间体的合成独立于MYC2。PAMP处理后3小时，IAR3和JOX2启动子区域的MYC2结合位点有几个丰度很高，说明MYC2的控制JOX2表达，JA虽然合成但被JOX2连续消耗（图7）。
随着时间的推移，其他植物激素在野生型和突变型中均显示出相似的水平。游离IAA的数量没有显着变化，因为达到了稳态PTI。幼苗暴露于PAMP后1小时，ACC / ET的丰度已经增加，并保持较高水平。flg22处理后3小时，ABA下降，并且在整个时间过程中一直保持较低水平，这可能是由于与SA的已知拮抗作用。另外研究者测量了20种蛋白原氨基酸和其他一些氨基酸改变的水平，发现在flg22暴露过程中丙氨酸，甘氨酸，色氨酸和牛磺酸会增加。随着接触时间的延长，亮氨酸，异亮氨酸，赖氨酸，脯氨酸和鸟氨酸的含量降低。
图7 依赖MYC2的负反馈回路通过IAR3和JOX2的去缀合和羟基化作用，控制JA-Ile和JA水平与JA合成平衡，从而抵抗生物营养性病原体。
结论
此研究全面描述了拟南芥模型的蛋白质组学，阐明了植物和组织在整个生命周期中的蛋白质组格局，以及在前所未有的情况下对PAMP的免疫反应放入细节。重要的是，研究者强调了在这些不同的生物学情况之间蛋白质组结构的重塑，以推断出全基因组蛋白的共同调节和功能。既包含了组织，生长发育阶段特异蛋白质组学研究，同时还研究了植物激素，抗性相关的蛋白质组学，全面而深度的蛋白质组学数据为相关研究提供了丰富研究素材。