科研 | Nature Communications：t-SNE在单细胞转录组学上的应用 / 开普饭

大家好,我是风.欢迎来到风风的从零开始单细胞系列.前面我们已经学习了数据下载.构建分析对象和数据质控.如果你的scater出现了一些警告内容,提示函数被替代,那也不用着急.正如其他内容一样,scate ...

A benchmark of batch-effect correction methods for single-cell RNA sequencing data对单细胞RNA测序数据的批次效应校正 ...

降维是机器学习中的可视化和理解高维数据的强大工具.t-SNE是最广泛使用的可视化技术之一,但其性能在大型数据集中会受到影响. UMAP是McInnes等人的一项新技术.与t-SNE相比,它具有许多优势 ...

推荐:江舜尧编译:多儿编辑:马莉法国图卢兹癌症研究中心学者Jean-Jacques Fourniéa等人于2019年5月22日在<PNAS>上发表题目为<Single-cell ...

导语生命与健康大数据中心(The BIG Data Center)由中国科学院北京基因组研究所于2016年成立.中国科学院北京基因组团队通过研究,建立海量生物组学大数据储存.整合与挖掘分析研究体系, ...

高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大,一次能反映的细胞数量多.因此,通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作.翻开各类发表的单细胞组学文章,不管是CNS的还是其他,几乎所有的 ...

编译:刘宁,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读淋巴细胞协调适应性免疫反应,对于建立保护性免疫和维持免疫稳态至关重要.我们对T细胞活化和功能的了解大多来自外周血,但是最新研究表明,大 ...

编译:小鹿同学,编辑:夏甘草.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读本研究描述了一个人类黑质(SN)的单细胞转录组图谱,该图谱是通过对来自大脑皮层和SN成对样本中大约17,000个单细胞核进行测序 ...

编译:怀瑾,编辑:夏甘草.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读癌症干细胞对于癌症的发生.发展和耐药性至关重要,但目前对于这些过程及其与胶质母细胞瘤异质性相关性的理解有限.因此,本研究对成年胶质母 ...

编译:阿温,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读晚期转移性癌症给临床带来了最严峻的挑战,可能具有与早期癌症不同的分子和细胞特征.本文进行转移性肺腺癌的单细胞转录组分析,所有病例中超过 ...

编译:姜意达,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读星形胶质细胞(Astrocytes)在整个中枢神经系统中的主要细胞类型,在调节突触(synapse)传播,调节血流与大脑的代谢功能中 ...

编译:不二,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读骨髓是血液生成和骨骼再生的主要部位.但是,其细胞和空间组织定位仍存在争议.本研究结合单细胞和空间转录组学系统地揭示了不同骨髓生态位的分 ...

编译:逍遥君,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读垂体前叶在调节各种生理过程(包括机体生长.生殖.代谢和应激反应)中起核心作用.本研究对来自人胎儿垂体的4113个单个细胞进行单细胞R ...

编译:小北,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读目的:链脲佐菌素(STZ)模型广泛应用于糖尿病研究.然而对这个模型中胰腺内分泌细胞和分子状态尚不清楚.本研究对胰岛细胞经STZ处理后的 ...

编译:思越,编辑:夏甘草.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读鼻咽癌(NPC)是一种侵袭性恶性肿瘤,种族和地理分布极为不均.鼻咽癌中存在非常复杂的肿瘤微环境(TME),靶向TME在NPC中标志着 ...

科研 | Nature Communications：t-SNE在单细胞转录组学上的应用