踩坑日志 | kingfisher 公共测序数据 SRA/Fastq 下载神器！ / 开普饭

最近刷单细胞文章看到了一个很有意思数据存放细节,这个文献的标题是:<Single-cell sequencing links multiregional immune landscapes an ...

是时候把生信技能树的舞台交给后辈! 粉丝来稿作者:黑川五郎写在前面单细胞转录组以10X公司为主流,单细胞天地公众号详细介绍了cellranger流程,大家可以自行前往学习,如下: 单细胞实战(一 ...

前面我带领大家通过IMGT数据库认知免疫组库,而且也一起从IMGT数据库下载免疫组库相关fasta序列,免疫组库重要的研究对象就是分成BCR的IGH,IGK,IGL这3类,以及TCR的TRA,TRB, ...

基因组学在生物学科的发展中,具有划时代的意义.同时,很多人在刚进入生物信息学领域时,最先接触的也往往是组装基因组,注释基因组.这在我们生信技能树的公号里有详细的教程,需要者可去公号get资源.前面ji ...

距离公布要带500个优秀本科生入门生物信息学的活动不到一个月,虽然真正入选不到一百,但是培养成绩喜人,出勤率接近百分之百,大部分人在短短两个星期就完成了R基础知识学习,Linux认知,甚至看完了转录组 ...

希望所有学员都可以站在生信技能树的舞台上发光发热! 下面是粉丝随机投稿追随生信技能树的脚步,学习生信已经有半年多了.看了哔哩哔哩上的视频,也跑了健明老师的代码.以为自己起码入门了,但是真正分析感兴趣 ...

粉丝来稿写在前面在几乎所有模式植物转录组测序技术都做烂的今天,始终有一些植物因为种种原因鲜有问津.例如小麦,就像是开在奢侈品商场的黄焖鸡:有钱的人未必瞧得上,没钱的也压根就不会去光顾.不过这么多年 ...

大家看我在生信技能树发布的各个NGS组学的视频教程, 基本都是随手找到一篇文章,就去查询其原始数据,通常是在NCBI的SRA,然后使用prefetch下载sra文件,有的时候还好使用aspera进行加 ...

SRA文件的解压主要是用sratools中的fastq,但是这个软件不能多线程运行,随着测序数据越来越大,fastq的解压速度可能成为整个流程的瓶颈(其实并不会:P,不过没有多线程就是不爽). 不过s ...

四年前我写过介绍GEO和SRA数据库的推文 : 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够其实就是耗费一点时间去摸索如何在这两个数据库里面查询下载自己感兴趣的文章的数据.注 ...

可以发现,这些三年前的视频教程里面都是从SRA(Sequence Read Archive)数据库下载文献的测序数据,我也在五年前详细解读过SRA数据库的结构: 层级结构是:SRP(项目)->S ...

写在前面伴随高通量测序技术的普及,海量的测序数据被产生并上传到网络数据库,如NCBI SRA.我们每个人都可以很轻易地获得这些数据,并用于有生物学问题针对性地分析.数据容易获取,但数据具体来源和信息 ...

写在前面课题需要,前述,在TBtools中开放了一个SraExperimentXML2InfoTable的功能.在这个功能的辅助下,我们较快的完成了阶段任务.筛选数据完成了,但是下载数据却出现了问题 ...

可能采坑的操作将excel表格转换成csv 逗号分隔,然后notepad检查文件是否是utf8编码,保存. 打开 phpMyAdmin , 选择要导入的表格,然后点击导入: 导入设置点击执行之后, ...

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