改变教科书：肠道效应T细胞主要由微生物塑造，而非传统范式 | 热心肠日报
今天是第1730期日报。
Nature 子刊：微生物时刻塑造着肠道效应T细胞！
Nature Immunology[IF:20.479]
① 对SPF及无菌小鼠，或用不同表型偏向性的菌干扰的小鼠的肠道效应T细胞（Teff）进行单细胞转录组及染色质分析；② 发现SPF及菌群干预小鼠结肠中干扰素或髓样特异性转录物标记的Teff细胞；③ 在基线或感染的不同时间段，通常作为TH标志的细胞因子或蛋白质转录本分布在极化的连续体中；④ 大部分转录差异与感染相关而与产生的细胞因子无关；⑤ 染色质变异主要反映了激活蛋白-1和IRF转录因子家族的活性，而非主要调节因子T-bet、GATA3或RORγ。
Gut CD4+ T cell phenotypes are a continuum molded by microbes, not by TH archetypes
01-18, doi: 10.1038/s41590-020-00836-7
【主编评语】CD4+效应淋巴细胞（Teff）传统上是根据它们产生的细胞因子来分类的，为了进一步明确在体内前线的组织中Teff的状态，Nature Immunology发表了一项研究，通过小鼠结肠Teff细胞的单细胞转录组和染色质分析，描绘了效应性T细胞的表型图谱，发现在无菌和SPF小鼠中，或在一系列具有表型偏向的菌群干扰过的小鼠中，Teff细胞是被菌群和感染时刻塑造着的，而非TH传统范式。（@宇宙最酷Vera）
强直性脊柱炎患者的炎性小体活化与肠道菌群失调相关
Arthritis and Rheumatology[IF:9.586]
① HLA-B27转基因小鼠的肠道NLRP3、NLRC4及AMI2表达增加，抗生素处理可降低；② NLRP3抑制剂可预防凝胶多糖诱导的SKG小鼠的回肠炎，并延缓关节炎发病；③ 对比40名强直性脊柱炎（AS）患者及20名健康对照，AS患者回肠中的NLRP3、NLRC4、AIM2、Caspase-1、IL-1β及IL-18表达增加，且Caspase-1活性增加；④ AS患者肠道菌群中的粘膜相关粘附侵袭细菌富集，并与PBMC中的炎性小体组分表达相关；⑤ NLRP3表达与疾病活动度及IL-23A表达相关。
Inflammasome activation in Ankylosing Spondylitis is associated to gut dysbiosis
01-16, doi: 10.1002/art.41644
【主编评语】Arthritis and Rheumatology上发表的一项最新研究，发现在关节炎小鼠模型及强直性脊柱炎患者中发生炎性小体的活化，后者与肠道菌群失调相关。而在关节炎小鼠模型中，炎性小体活化可驱动回肠炎的发生。（@szx）
粪便菌群或可预测英夫利昔单抗治疗IBD的效果
Journal of Crohn's and Colitis[IF:8.658]
① 对72名开始接受IFX治疗的IBD患者（25名CD、47名UC）随访1年，或随访至停止IFX治疗；② 收集患者在治疗前、治疗2周、6周、12周及1年后的粪便样本，在治疗12周后评估患者的应答情况；③ 应答患者与不应答患者在治疗前的粪便细菌及真菌谱均有显著差异；④ 与应答患者相比，不应答患者的短链脂肪酸产生菌（尤其是梭菌纲）丰度较低，而促炎细菌及真菌（如念珠菌属）的丰度升高；⑤ 基于细菌分类群，可预测CD患者及UC患者的应答（AUC>0.8）。
Bacterial and Fungal Profiles as Markers of Infliximab Drug Response in Inflammatory Bowel Disease
2020-12-10, doi: 10.1093/ecco-jcc/jjaa252
【主编评语】约1/3的IBD患者对英夫利昔单抗（IFX）治疗不应答，但目前尚无可预测IBD患者对IFX的应答的生物标志物。Journal of Crohn's and Colitis上发表的一项队列研究结果，对比了在接受IFX治疗前后，应答及不应答的IBD患者的粪便菌群（包括细菌及真菌）差异，发现应答患者与不应答患者在治疗前的粪便细菌及真菌组成均有显著差异，而基于细菌分类群可较准确地预测患者对IFX治疗的应答情况。（@szx）
幼时补充p40或可持久预防成年后的结肠炎
CMGH Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology[IF:7.076]
① 在年轻成年小鼠的结肠上皮（YAMC）细胞中，p40上调甲基转移酶——Setd1β的表达，并增加组蛋白H3K4me1/3修饰；② p40介导TGF-β基因座的染色质成为易于转录的状态，以促进YAMC细胞中的TGF-β产生；③ 新生小鼠短暂暴露于p40，可诱导持续的H3K4me1/3修饰，并增加成年时期的TGF-β基因表达，以促进Treg分化，从而缓解TNBS及DSS诱导的成年小鼠的结肠炎；④ 成年小鼠补充p40则无上述作用，TGF-β中和抗体处理也可抵消上述作用。
Exposure to p40 in early life prevents intestinal inflammation in adulthood through inducing a long-lasting epigenetic imprint on TGFβ
01-19, doi: 10.1016/j.jcmgh.2021.01.004
【主编评语】p40是益生菌——鼠李糖乳杆菌GG产生的一种具有益生功能的分泌蛋白。CMGH Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology上发表的一项最新研究，揭示了p40的益生作用机制：小鼠生命早期补充p40，可增加肠道上皮细胞中的Setd1β（甲基转移酶）的表达，以增强组蛋白的H3K4me1/3修饰，从而增加TGF-β的产生，后者可促进Treg分化，上述作用可持续至小鼠成年时期，以缓解结肠炎。（@szx）
NK细胞在IBD中的代谢和功能失调
Journal of Crohn's and Colitis[IF:8.658]
① 纳入53名中重度IBD患者及47名健康对照，收集PBMC，对NK细胞的功能进行对比分析；② 相比于健康对照，IBD患者的NK细胞在体外可产生更多的促炎因子——IL-17A及TNF-α，但杀伤功能有所减弱，且在IL-12及IL-15的刺激下产生的IFN-γ显著减少；③ IBD患者的NK细胞的基础mTORC1活性显著升高，但CD56高表达NK细胞在刺激后的mTORC1活性低于健康对照；④ 因线粒体质量及膜电势的降低，IBD患者的NK细胞表现出代谢功能缺陷。
Dysregulation of metabolic pathways in circulating natural killer cells isolated from inflammatory bowel disease patients
01-18, doi: 10.1093/ecco-jcc/jjab014
【主编评语】Journal of Crohn's and Colitis上发表的一项最新研究，对比了分离自IBD患者及健康对照的PBMC中的NK细胞的功能，发现IBD患者的NK细胞的mTORC1活性及线粒体功能失调，导致其杀伤作用减弱、刺激下的IFN-γ产生减少、促炎因子（IL-17及TNF-α）释放增加。（@szx）
直肠粘膜菌群或可检测亚临床溃结
Gut Microbes[IF:7.74]
① 纳入45名亚临床UC患者及13名健康对照，收集盲肠、直肠及粪便样本进行菌群分析；② 相比于健康对照，UC患者的直肠菌群（而非盲肠菌群或粪便菌群）中，变形菌门的丰度降低，而拟杆菌门的丰度增加；③ UC患者的直肠菌群（而非盲肠菌群或粪便菌群）的群落丰富度及均匀度显著高于健康对照；④ 在UC患者的直肠菌群中，27个OTU（主要来自厚壁菌门）富集，IL-17信号及Th细胞分化相关通路富集。
The rectal mucosal but not fecal microbiota detects subclinical ulcerative colitis
02-01, doi: 10.1080/19490976.2020.1832856
【主编评语】肠道菌群参与溃疡性结肠炎（UC）的发病机制，但其在UC缓解过程中的变化尚未明确。Gut Microbes上发表的一项队列研究结果，发现相比于健康对照，亚临床UC患者的直肠粘膜相关菌群（而非粪便菌群或盲肠粘膜相关菌群）的多样性、组成及功能发生显著变化。该研究结果提示，相比于粪便菌群，直肠菌群更适合作为鉴别及监测UC患者的生物标志物。（@szx）
安徽医科大学：类风湿关节炎患者的口腔和肠道的菌群变化（综述）
Rheumatology[IF:5.606]
① 总结26项研究的结果，分析RA患者的口腔菌群与肠道菌群变化；② 3项以上的研究报道，与对照相比，早发性RA/RA患者的肠道菌群中的粪杆菌属减少，而口腔菌群中的普氏菌属增加，链球菌属及嗜血杆菌属减少；③ 另外，部分普氏菌属中的物种（包括P. histicola及P. oulorum）在RA患者的口腔菌群中有增加趋势；④ RA患者的口腔菌群α-多样性增加或不变，而肠道菌群α-多样性降低或不变。
The oral and gut microbiome in rheumatoid arthritis patients: a systematic review
2020-01-15, doi: 10.1093/rheumatology/keaa835
【主编评语】安徽医科大学的李宝珠团队Rheumatology上发表的一篇系统性综述，纳入26项研究的结果，总结了类风湿关节炎（RA）患者的口腔菌群与肠道菌群的组成及多样性的变化。（@szx）
河南农业大学团队：孕期膳食纤维摄入或可改善两代性能？
mSystems[IF:6.633]
① 研究不同来源、化学结构各异的膳食纤维，包括苜蓿粉（AM）、甜菜粕和大豆皮对怀孕母猪健康状况、肠道菌群、炎症反应、子代生长等的影响；② 其中AM效应最强，可提高母猪泌乳期采食量、生殖能力、减少胎儿宫内生长受限；③ AM降低母猪肠道通透性、减轻母猪和仔猪全身炎症反应；④ AM促进母猪肠道菌群有益共生菌增多、致病共生菌减少且促进泌乳期丁酸生产；⑤ 母猪性能与肠道健康与否、肠道菌群变化直接相关，且影响仔猪生长。
Consumption of Dietary Fiber from Different Sources during Pregnancy Alters Sow Gut Microbiota and Improves Performance and Reduces Inflammation in Sows and Piglets
01-26, doi: 10.1128/mSystems.00591-20
【主编评语】“母猪到小猪”模型或可为人类孕期和婴儿状况的研究提供参照。河南农业大学YinghuaShi团队在mSystems发表文章阐述来自苜蓿粉、甜菜粕和大豆皮的膳食纤维添加如何影响母猪孕期、泌乳期身体机能、生殖生产、肠道健康、菌群组成以及子代生长发育。尽管膳食纤维改变肠道菌群的报道较多，但系统性的分析，特别是针对大动物的研究仍值得学习。（@solo）
牙周炎可能增加新冠肺炎患者的重症风险
Journal of Clinical Periodontology[IF:5.241]
① 纳入568名卡塔尔COVID-19患者，其中40名发生并发症（死亡、进ICU、需要辅助通气），528名在出院前未发生并发症；② 校正潜在干扰因素（年龄、性别、吸烟、BMI、糖尿病及并存病等）后发现，牙周炎与COVID-19并发症——死亡（OR=8.81）、进ICU（OR=3.54）及需要辅助通气（OR=4.57）均显著相关；③ 在患牙周炎的COVID-19患者中，血液中的白细胞、D-二聚体及C反应蛋白均显著升高。
Association between periodontitis and severity of COVID‐19 infection: a case‐control study
02-01, doi: 10.1111/jcpe.13435
【主编评语】Journal of Clinical Periodontology上发表的一项病例-对照研究结果，对568名新冠肺炎患者进行分析后发现，牙周炎与新冠肺炎的并发症（死亡、进ICU、需要辅助通气）风险显著相关。（@szx）
感谢本期日报的创作者：临床营养陈彬林，szx，solo，宇宙最酷Vera