稽查案例 | 房地产纳税人是否可以放弃享受免税政策
案情概览
2009年7月，A公司对X项目进行开工建设
2010年11月，X项目竣工结算。
2013年11月，K税务师事务所接受委托，对X项目进行鉴证审核。当月，A公司向B县税务局进行土地增值税清算申报，一期应退土地增值税税额共计1,104,168.26元，B县税务局作出准予退税的决定。
2015年12月，B县税务局作出《税务事项通知书》，要求A公司申报补缴土地增值税1,104,168.26元。
B县税务局认为：A公司办理土地增值税退税未按照税收法律、法规的规定对涉及不同类型的房地产项目分别计算增值额金、增值率、缴纳土地增值税，属于计税依据和政策适用错误，应当补缴税款。
争议焦点
“土地增值税最小计算单位为一个幢号”的法律规定和分别核算土地增值额的规定是否冲突，存在“土地增值税最小计算单位为一个幢号”的规定的情况下是否可以在最小计算单位内合并计算土地增值额。
法院认为，《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号)第一条规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算，开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题的规定的通知》(财税字〔1995〕48号)第十三条规定，对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。上述法律规定与A公司主张，“土地增值税最小计算单位为一个幢号”的法律规定并不矛盾，土地增值税最小计算单位为一个幢号，但并不影响对一个幢号中不同类型的房屋分别计算增值额，征收土地增值税。
有关A公司主张“分别计算增值额，并不产生分别计算土地增值税，而是为了区分普通标准住宅”，法院认为：分别核算增值额的目的，就是为了分别计算土地增值税，通过分别核算土地增值税，进而起到税收杠杆调节的作用，促进房地产开发的健康发展的目的。故A公司该主张不予采纳。
有关A公司认为其可以以放弃免税权利为代价，来要求合并计算土地增值额，进而合并计算土地增值税的上诉理由，法院认为，财税字〔1995〕48号第十三条对应该分别计算，没有分别核算的纳税人，普通标准住宅不得享受免税的规定，是一种惩罚性条款，而非选择性条款。所以A公司的该上穗诉理由，与法律原意相悖，系其错误理解法律意思所致，不予采纳。
在实际清算工作中，我们遇到最多的是开发项目同时包含商业和住宅的综合楼盘，这类型项目既开发有商铺、宾馆饭店、写字楼、车库，还有住宅，住宅又有普通住宅和非普通住宅之分，这就需要我们分别计算增值额。但分别计算增值额，税率是否应分别确定，还是合并计算增值额后确定呢?点击学习文章：房企土增清算工作中的5大重点和难点
大中城市的房价高，增值额大，二级城市和县城等房价略低，增值额略小，而土地增值税预征率是按照发达的大中城市状况测算确定的，二级城市和县城预征率偏高，清算后出现大量退税情况。再加之土地增值税清算的办法各异，导致税负不公，退补税款差异大。故科学确定增值额的方法是土地增值税清算的核心。
小编点评
本案的争议焦点在于“土地增值税最小计算单位为一个幢号”的法律规定和分别核算土地增值额的规定是否冲突。
我们认为，规定土地增值税最小计算单位是因为同一个房地产开发商有不同地段的开发项目，项目也有不同的周期。如果不分周期不分区域地统一进行土地增值税核算，无法有效开展工作，征缴税款。我国《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号)第一条规定，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算，这是为了确定土地增值税征收的时间单位，而“土地增值税最小计源算单位为一个幢号”的法律规定则确定了土地增值税征收的空间单位。这两条规定都是管理性的规定。在“土地增值税最小计算单位为一个幢号”的规定下，对于同幢内的房产区分普通标准住宅和非普通标准住宅分别计算仍然具有可行性。
同时也需注意到各地可能存在特别规定，合并计算仍是一种可行的模糊处理的税收办法，应遵照执行，比如天津和安徽出台文件允许合并。但在当地不存在特别规定的情况下，应注意普通标准住宅和非普通标准住宅存在不能合并计算的风险。