教你如何简便进行转录因子（TF）预测

高通量测序火了不止一年两年，很多时候我们都是先找到自己心仪的相关基因，然后进行下游靶基因的验证。其实，我们还可以往上游做，以丰富机制研究的深度。也就是查找基因的启动子以及转录因子预测。那今天我们就来唠唠转录因子预测分析吧~

转录因子也称反式作用因子，在动植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的调控作用，已成为现在生物学研究领域的热点，其功能分析是重要的研究内容之一。因此我们可以通过转录因子注释，或者可通过表达量聚类分析，筛选出关注生物学问题过程中起主要调控作用的一些转录因子。并且可以结合WGCNA鉴定的基因模块，筛选关键转录因子在基因模块中是否为hub gene，并通过预测转录因子的靶基因（MEME），筛选出基因模块中的靶基因，建立以转录因子为hub gene的调控网络。

转录因子相关的文章有很多，例如2015年发表在Proc Natl Acad Sci的一篇文章，作者通过玉米种子吸水膨胀不同阶段的转录组数据，鉴定玉米子叶发育各阶段相关转录因子（TF）其靶向位点（TFBS）。我公司成功案例也有类似的文章，比如2016年发表在Plant Cell Physiol上的一篇文章，介绍的是异源表达DREB转录因子（AtDREB1A）提高转基因丹参抗旱性的调控机制。

那这个时候问题就来了，如何简单快捷的进行转录因子的注释研究呢？同志们，福利来了~百迈客云（BMKCloud）免费为您提供转录因子注释工具，助力各位科研君进行深度的数据挖掘！

情景一：如您在我们公司有做项目，那当结题报告和分析结果将会在百迈客云（BMKCloud）上进行展示，您可在测序项目中直接进行转录因子。

操作步骤：登录百迈客云首页（www.biocloud.net）——我的项目——报告——基因结构挖掘——转录因子预测，选择对应数据库（植物or动物），点击提交即可。Yes，就是这么easy!

情形二：利用免费小工具进行分析。操作步骤：登录百迈客云首页（www.biocloud.net）——分析——工具

在对话框中输入“转录因子注释”，Enter键进入转录因子注释工具界面

这种方法操作也非常之简便，只要按照要求格式提交基因序列文件然后选择物种即可：
1、 Genes：基因序列文件，支持氨基酸序列或者核酸序列，必须以fa或者fasta做后缀，示例如下：

2、 DEG file：输入基因出自的项目的差异表达文件，该文件第一列为Gene ID，最后一列为基因上下调信息，这两列必须存在，没有可以不用选择
3、 Organism：可以只选择研究的物种，分析速度快；也可以选择All，基于所有物种的转录因子进行比对，结果信息会更全，但是分析速度会变慢。
4、 E-value 进行blast比对设置的期望值，该值越小表示比对特异性越强，核酸一般设置为1e-10，氨基酸一般设置为1e-5

最后筛选出来感兴趣的转录因子，大家可能希望再找到它对应的靶基因。如何预测转录因子靶基因也有很多方法，包括根据转录因子保守性或者是公共数据库进行预测，这部分内容后续我们再具体介绍吧~

参考文献：
1.Wei T, Deng K, Liu D, et al. Ectopic Expression of DREB Transcription Factor, AtDREB1A, Confers Tolerance to Drought in Transgenic Salvia miltiorrhiza[J]. Plant & Cell Physiology, 2016, 57(8):1593.
2.Yu C P, Chen S C, Chang Y M, et al. Transcriptome dynamics of developing maize leaves and genomewide prediction of cis elements and their cognate transcription factors[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 112(19):E2477.

转录调控事业部 李 娜 | 文案
吴戈宇 | 审核
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