染色质免疫共沉淀的发展史

近年来ChIP与芯片（Chip, microarray）或测序（Sequencing）相结合的ChIP-chip和ChIP-Seq技术是在全基因组水平分析DNA与蛋白质相互作用的两大主要技术。ChIP-Seq是在ChIP基础上对得到的DNA片段进行纯化与文库构建，然后对富集的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精准定位到基因组上，进而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。ChIP-chip技术通过标记染色质**沉淀富集的DNA片段，和另一个被标记不同探针的对照组样品一起，与DNA芯片杂交，再利用各种生物信息学方法对收集到的信号进行分析。

ChIP技术也被用于研究RNA-蛋白的相互作用，其原理与DNA类似，也包括甲醛固定，超声波破细胞，**沉淀，交联逆转，RNA纯化和RNA鉴定等步骤。所不同的是，交联逆转只用Proteinase K，要进行RNA纯化和不含RNase的DNase处理，分析时用RT-PCR，芯片杂交要用cDNA芯片等。