你究竟可以从生信技能树学到多少
上一期是: 生信故事会之中年大妈的自我救赎
今天在整理电脑的时候,看到很多以前的PPT,word以及.R的代码,打开的瞬间,很多记忆都回到脑海中,其实也没有很久,可能三年或者两年,但是在这个信息爆炸的年代,很多东西如果不去记录,可能就彻底的被遗忘。(如果下面的故事触动了你,欢迎也分享你入门生物信息学的故事,发邮件到 jmzeng1314@163.com )
我硕士和博士其实都是临床专业,硕士前两年基本都在临床天天累死累活的加班,每4天一轮白夜下休,根本没有时间停下来去思考或者学习,科研渐行渐远(这个词不恰当,可能就没有接近过),但是很庆幸导师是一直在专注科研,也给我提前规划了课题,但是迟迟没有进展,日子就这样流水一样的划过,后面又上了导师的博士,做科研的时间多了很多,也不用再去临床了,有一天导师告诉我要做一些转录组,然后跟公司联系,当时第一次跟华大合作,交付了结题报告和一个压缩包(当时公司都还没有在线分析),打开以后各种各样的文件,真的感觉眼花缭乱,就开始漫长的百度之旅,百度关键词:转录组的结题报告解读,也正因为百度知道了生信技能树。
有很多公司会给导师发邮件关于转录组、基因组的培训班,这里特别感谢我的导师,对于学生的进步和培养特别支持,导师给我报了两个培训班,都在上海(具体公司名字就不提了,相信很多人都被普天盖地的广告过,而且这样的培训班基本上没有用),三天时间,培训费加一起10000多,第一天上午就是讲转录组基因组的发展史以及一些基本的定义和文章,下午就是帮你安装R语言和library包,并且当时根本没有教上游分析,只是PPT讲了用那些软件,然后就是用R语言复制代码一步一步做,回想起来,这两个培训班对我最大的益处就是安装了R和Rstudio,别的真的回忆不起来了。
培训结束以后,生活依然要过,数据还要自己处理,就遇到了各种各样的问题,偶然间看到了jimmy大神的直播我的基因组分析,第一次感觉有人可以把流程教的这么仔细,目录在:http://www.biotrainee.com/thread-1376-1-1.html
我一直都有个用PPT做笔记本的习惯,放几张当时看《直播我的基因组》的笔记截图 :
从原理到软件安装再到数据格式,都手把手的教你,这个系列开启了我学习上游分析的大门,后面又学习了B站的视频课程-生信人系列:
跟着视频还有公众号学习了越来越多的知识,这里给刚入门生信或者想学生信的朋友安利一下,PPT笔记的好处:每天生信技能树公众号都有各种各样的知识,包括你在跟着视频学习的过程中,当时可能觉得记得特别牢固,但是可能过几个月你真的用到的时候,根本记不清楚,在生信人应该这样学Linux的开始,Jimmy这样说过,不要去背代码,你只需要知道那个代码可以实现你的功能就可以了。
我的R语言的PPT笔记已经写了321页:
包括数据分析的,画图的,乃至于公众号推文介绍的,随手的记录下来,当你做完实验想数据分析和画图的时候,你只需要看一下PPT里各种各样的图那个合适,然后把代码复制过来就可以了。
比如你想对数据处理,使用gsub函数,只需要在PPT里检索gsub就出来了
比如你想修改画图颜色,只用检索颜色,以往的记录就出来了
再比如你需要做方差分析,检索方差两个字
比如你需要旋转坐标或者添加置信区间,检索关键词
还有做R分析时候的脚本,每做一个分析就保存好一个,便于以后使用