三阴性乳腺癌表达矩阵探索笔记之差异基因富集分析

相关推荐

• GEO联合TCGA数据挖掘文献分享

  今天要介绍的这篇章是我们中国人写的,发表在Med Sci Monit上,这篇文章主要是通过下载GEO和TCGA的数据,通过差异表达分析,GO富集分析.KEGG富集分析,PPI分析,COX回归分析,筛选 ...

• clusterProfiler|GSEA富集分析及可视化

  GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

• 手把手教你用R做GSEA分析

  GSEA是非常常见的富集分析方式,以前我们做GSEA需要用依赖java的GSEA软件,那个时候准备分析的文件可能要花上很长时间,报错还不知道如何处理.现在我们来学习一下R语言进行GSEA分析. 加载R ...

• 三阴性乳腺癌表达矩阵探索笔记之差异性分析

  以第一个基因为例,根据group_list来检验在分组之间是否存在差异 load(file='step1-output.RData') dat[1:4,1:4] table(group_list) # ...

• 三阴性乳腺癌表达矩阵探索笔记之GSEA

  学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第6篇) 文献解读 数据下载及理解 差异性分析 差异基因的富集分析 TNBC定 ...

• B站课程《三阴性乳腺癌表达矩阵探索》笔记之文献解读

  学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了!(视频观看方式见文末) 下面是<GEO数据挖掘课程>的配套笔记 文献解读1:Comprehensive Genomic Anal ...

• 三阴性乳腺癌表达矩阵探索之数据下载及理解

  学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了!(视频观看方式见文末) 下面是<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第二篇) 了解数据挖掘 公共数据库:(数据来源) GEO和TCG ...

• 三阴性乳腺癌表达数据探索笔记之GSVA分析

  学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第6篇) 文献解读 数据下载及理解 差异性分析 差异基因的富集分析 TNBC定 ...

• 三阴性乳腺癌表达数据分析笔记之TNBC定义

  学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是学徒写的<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第5篇) B站课程<三阴性乳腺癌表达矩阵探索>笔记之文献解读 三阴 ...

• 三阴性乳腺癌表达数据分析笔记之PAM50

  文献解读 数据下载及理解 差异性分析 差异基因的富集分析 TNBC定义 PAM50的介绍 在临床实践中,就需要HR阳性,HER2阴性乳腺癌的预后和预测模型,为了实现这些目的,基因检测,如Oncotyp ...

• 单细胞测序探索三阴性乳腺癌治未病

  中国最早的医学典籍<黄帝内经>早在两千多年前就指出:圣人不治已病治未病.不过,早期发现癌症的主要障碍之一是我们对肿瘤启动事件了解不足.历来,癌症研究一直集中于已发生肿瘤的组织学和分子学特征 ...

• 探索三阴性乳腺癌免疫逃逸代谢机制

  调节型T淋巴细胞具有强大的免疫抑制能力,可及时有效地结束免疫反应,防止免疫反应对机体自身造成过度损害.不过,三阴性乳腺癌等恶性肿瘤细胞通过代谢重编程,可引起大量调节型T淋巴细胞浸润,从而逃避被杀伤型T ...