最强攻略3:史上最全外泌体数据库解读
外泌体是多泡体限制性膜与细胞质膜融合而释放的脂质双层膜囊泡，能够运载其内源性的蛋白质、脂质、核酸、miRNA 等信息物质参与细胞间通讯和机体的生理代谢过程，被认为是细胞间通讯、疾病诊断和预后循环生物标志物的重要载体。通过外泌体携带的蛋白质、核酸、脂类等来调节受体细胞的生物学活性，从而参与机体免疫应答、抗原提呈、细胞迁移、细胞分化、肿瘤侵袭等生物学过程。
外泌体的研究方向包括基础机制研究及临床应用研究，涉及肿瘤、免疫、代谢、神经调控等多个领域。在临床诊断和治疗方面展现出了极具前景的研究价值，因此也是近年来的研究热点之一，国自然的“香饽饽。本着便利、全面、高效的原则，来看看外泌体的数据库的汇总解读吧~
01
EVmiRNA
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA
EVmiRNA数据库，是一个专用于细胞外囊泡（EVs）的miRNA数据库。里面包括miRNA表达谱，miRNA相关药物，miRNA调控途径，miRNA功能以及相关出版物。收录了17种器官或疾病462个EVs小RNA测序样本miRNA表达谱。EVmiRNA提供了三个功能模块：(1)不同来源(如血液、母乳等)的miRNA表达谱和样本信息；(2)在不同EVS中特异表达的miRNA，有助于生物标志物的识别；(3)miRNA注释，包括miRNA在EVS和TCGA中的表达，miRNA途径的调控，以及miRNA的功能和出版物。
详情请戳：EVmiRNA：外泌体miRNA数据库
02
exoRBase
http://www.exorbase.org/
exoRBase是从人类血液外泌体的RNA-seq数据分析得出的环状RNA（circRNA），长非编码RNA（lncRNA）和信使RNA（mRNA）的存储库。exoRBase旨在收集和表征人血外泌体中的所有长RNA种类来提供注释，表达水平和可能的原始组织，识别血液外泌体中的分子标记，并将触发新的循环生物标志物发现以及对人类疾病的功能预测。
03
ExoCarta
http://www.exocarta.org/
ExoCarta是首个外泌体标志物综合数据库，针对外泌体中鉴定出的蛋白质和RNA分子数据库由Simpson教授团队建立，收录了包括人、大鼠、小鼠、绵羊、豚鼠、果蝇、马、穴兔、牛在内的几个物种共286个研究结果。除此之外，ExoCarta的一个典型特点就是具有外泌体蛋白动态的蛋白与蛋白之间相互关系网以生物学通路。
详情请戳：ExoCarta：外泌体相关标志物数据库
04
EV-TRACK
http://www.evtrack.org
EV-TRACK是以Thery为首的EV-TRACK联盟建立的EVs（EVs细胞外囊泡主要分为外泌体、微囊泡（microvesicles，MV）和凋亡小体三大类）研究报告数据库，其中包含了EVs相关文献的方法学参数，基于MISEV（EVs研究最小实验要求）评估EVs分离及鉴定相关参数。该数据库的建立旨在规范EVs研究，便于将实验规范应用于实际研究中，对实验结果进行解释，目前的数据包括了1502个出版物和2660个实验，且每年都在不停的更新中。
05
EMBL-EBI QuickGO
https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/
QuickGO数据库一款针对人类蛋白GO功能分析的综合注释数据库，和实验室研究人员及外泌体数据库Exocarta 和Vesiclepedia是有紧密合作，其中有识别用于注释的靶蛋白以及外泌体实验方法学的注释，外泌体蛋白功能注释。而且外来基因本体论注释倡议就是由EBI的UniProt策划人发起，通过阅读文献并为这些蛋白指定描述其生物学作用的术语，将GO注释分配给人类外泌体蛋白。之前有专用于exosome的小库，但现在网页已经失效了，相关数据也综合到了QuickGO里。
06
Vesiclepedia
http://www.microvesicles.org/
Vesiclepedia是一个EVs分子数据（脂质、RNA和蛋白质）的数据库，目前包含来自于过去一些年份文献中发表的341个独立研究的35264个蛋白，18718个mRNA，1772个miRNA、342个脂质条目，Apoptotic blebs凋亡小泡、Exosomes 外泌体、Microparticles 微粒体 、Microvesicles 微囊泡都囊括在内。还可以根据物种、囊泡、分子和样品类型浏览和检索，这些条目来自过去几年发表的341项独立研究。
07
Urinary Exosome Protein Database
https://hpcwebapps.cit.nih.gov/ESBL/Database/Exosome/
Urinary Exosome Protein Database是专用于尿液外泌体蛋白的数据库， 库内有1160种蛋白质，里面的数据是基于上皮系统生物实验室（ESBL）已发表的蛋白质谱数据，所有数据均来源于健康志愿者尿液外泌体。这个数据库包含了用两种不同的质谱仪来鉴定人类尿外泌体的蛋白质。
08
miRandola
http://mirandola.iit.cnr.it/
miRandola是对各种细胞外循环非编码RNA类型进行全面的人工分类的数据库。非编码RNA以高度稳定的细胞外形式在血液中循环，在调节各种生物过程中起重要作用，因此它们可用作基于血液的生物标记。miRandola数据库目前有314条3283个条目，7种细胞外RNA形式，1002个microRNA，12个长非编码RNA，8个环状RNA，最重要的是对Vesiclepedia和ExoCarta miRNA数据整合。
09
exRNA Atlas
https://exrna-atlas.org/exat
exRNA Atlas是ERCC联盟的数据库，有6627个数据。exRNA Atlas是细胞外RNA通讯联盟（ERCC）的数据库。该信息库包括人类和小鼠生物流体的小分子RNA测序和qPCR衍生的exRNA图谱，数据库使用exceRpt小RNA-seq管道的版本4处理所有RNA-seq数据集，并且ERCC开发的质量指标被统一应用于这些数据集。具体来说囊括了脑脊液、唾液、血清、血浆和尿液来源的5,309例 exRNA-seq 以及qPCR数据，同时网站还提供了适用于exRNA研究的分析工具。
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