文献阅读 | A-to-ⅠRNA编辑人组织转录微调序列的遗传变异及微RNA靶向性研究

小燕子

论文

Genetic variation and microRNA targeting of A-to-I RNA editing fine tune human tissue transcriptomes.

背景

A-to-IRNA编辑使转录体多样化，并具有多个下游功能效应.遗传变异有助于个体间RNA编辑的变异性，并有可能影响表型变异。

结果

我们分析了437个个体49个组织中匹配的基因和转录数据，以确定与遗传变异相关的RNA编辑事件。利用RNA编辑数量性状位点(EdQTL)定位方法，我们确定了3117个与顺式遗传多态性相关的独特RNA编辑事件。这些edQTL事件中有14%与其基因表达的遗传变异有关。这些事件的一个子集与基因组范围内复杂性状或疾病的关联研究信号有关。我们确定组织特异性水平的ADAR和ADARB1能够解释组织特异性edQTL事件的子集。我们发现某些microRNAs能够区分它们的目标的编辑和未经编辑的异构体。此外，microRNAs可以通过微RNA介导的转录降解，以编辑特异性的方式从edQTL位点产生表达数量性状位点(EQTL)信号。通过对edQTL、eQTL和microRNA表达谱的综合分析，我们计算和实验验证了edQTL-microRNA对，其中microRNA可以以一种组织特异性的方式从edQTL位点产生eQTL信号。

🔺Fig. 1

🔺Fig. 2

🔺Fig. 3

🔺Fig. 4

🔺Fig. 5

🔺Fig. 6

🔺Fig. 7

结论

我们的工作提出了一种机制，RNA编辑可变性可以影响复杂性状和疾病的表型，通过改变关键RNA分子的稳定性和稳态水平。

关键词

A-to-I RNA编辑；等位基因特异性RNA编辑；GWAS；遗传变异；RNA编辑数量性状位点；RNA-seq；单核苷酸多态性；转录稳定性；转录体；微RNA。

END

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