Solved！进化树批量重命名，技能 √get

写在前面

想想 TBtools （几乎）每天深夜（22:30~23:00）直播已经有一段时间了。整体主题从原本TBtools用户问题统一回复，变成：

  1. TBtools 使用问题讨论

  2. TBtools 新功能征集

  3. 我个人的生活闲扯

  4. 生信学习或其他问题讨论

具体话题范围变化还是挺大，主要还是看我个人心情。基本上保持在每次都有 10 个人左右，感觉还不错。

在前述有一次直播的过程中，有用户朋友提取了，他手上有一颗进化树，希望对分支进行重命名，不知道 TBtools 是否有这个功能。
我的第一感觉是，使用 Gene Structure View (Advanved)。但测试结果发现，我只支持了图片输出时的重命名，并未支持导出 重命名 后的 Newick。

这位用户朋友，几乎参与了每天晚上的直播。今天我刚从外面回到家，想休息下，于是，写了 TBtools 插件“小八” - Newick Rename

插件“小八”的安装

注：请更新 TBtools 到 1.045 或者更高版本，这样会避免一些可能存在的插件安装问题。

首先是打开插件安装菜单

随后是拖拽放置或者选取插件.jar（注意，TBtools插件只有两种格式 .jar 或者 .zip）

于是插件成功安装

插件“小八”的使用

首先，看下等待重命名的进化树

忽略转录本信息，不是重点

我们希望做的是把进化树里面的 ID 调整为 新的 ID，比如（注意，列 以 制表符 分隔）

首先是打开进化树重命名插件“小八”的界面

从界面来看，我们可以知道，两个输入和一个输出，均同时支持文件或文本直接输入和输出。

为了演示方便，这里只使用文本输入输出
于是，设置输入，如下

于是点击 Start ，得到结果

对进化树进行可视化，可得

当然，既然是重命名，其实只要对新的名字设置好，就可以做到一些个人需要的方式，比如加上物种，等等，更或者保留原始 ID

于是得到

我相信，如果括号里是 物种拉丁学名 ，应该会不少人感兴趣~~~

写在后面

赞 (0)

相关推荐