瞎扯一通~~~

忙着家里的小事，不知不觉就从早上8点到晚上11点，看看邮箱，回复邮件，转眼就马上第二天。

既然如此，不如瞎扯。

这两三天，情绪多少有点低落。做了一些尝试，基本以失败告终。但人生嘛，就是不断和自己妥协的过程。放弃一些追求，常常反而会让我们得到更多。

久前，鼓捣鼓捣，我已经让 TBtools 通过插件模式，实现了：

SRA->FastQ->Quality Control->Quantity

也就是跳过读段回帖，直接进行读段计数，以及表达量估计。具体可以参考推文 点点点！完成 RNAseq 数据分析，从 测序原始数据 到 差异表达基因。

这个当然是不错，多少还是让所有 TBtools 用户直接在 windows 或者 mac 下进行从原始数据开始的转录组分析。但这多少有点缺陷，毕竟 读段回帖 这一步不做，心里还是不舒服。

所以我抽空就实现了三个新的 TBtools 插件（可用于windows或mac下）。

1. Hisat2 Build Simple Wrapper，用于基因组索引

2. Hisat2 Align Simple Wrapper，用于RNAseq读段回帖

3. StringTie，用于转录组组装以及读段计数

前两个已经写过推文了，感兴趣的可以翻翻。StringTie的这个，一样，改吧改吧源码，然后编译好了。效果如下，注意到，直接在CMD下，并不通过WSL

结果如下，可以注意到路径

想来想去，似乎转录组测序上，几乎所有的分析，都已经可以在 TBtools 中完成了。真是 啪啪啪 打脸。

以前说了的不打包 R ，现在打包了。

以前说了的，不搞上游，现在RNAseq的全搞了。

但其实也不是这么一回事。

以前不搞，那是不希望 TBtools 的安装包太大，自从用上插件模式，说实话，我再无顾忌。

最后呢，发现其实绝大多数人对程序大小其实并不敏感，毕竟现在来说，1Mb 和 1Gb 的程序包，对于用户来说，都一样，硬盘太便宜了。而我却依旧在尽量为大伙的硬盘节省 100Kb，（TBtools到现在，其实都只有 ~10Mb）

想想吧，或许还是要清醒清醒。