IGV-sRNA，改造出一个适合小RNA分析的基因组浏览器

写在前面

IGV是我认知范围内，得到最广泛使用的基因组浏览器。作为一个强大的软件，其支持 各种测序数据的可视化，但对于小RNA测序数据的支持，却仍然一般。于是，我对其进行了几次小的修改，完成一个相对适用于小RNA测序数据可视化的工具。

重新审视了过去的时间，我觉得这个工作并不值得。但是，对于我毫无意义的，或许对于其他人是有用的。于是 ，写一份目录帖，希望对有需要的人有所帮助。

五份改造记录

起因是生信札记读者微信交流群有人提出了一个图，而我给出了一个解法，即修改IGV源码并使其支持。我的说法是，这个操作很简单。于是，写一个帖子证明，这个过程到底多简单。

修改IGV基因组浏览器源码，做一个自己需要的浏览器 - https://www.jianshu.com/p/14f1d64d220f

随后，因为下载一些数据，确实太慢（学校的网速，不敢恭维！），于是，我在不同的时间点，又码了几个新的特性，并做了五篇推文。

第一个，新增特性，不仅仅显示Coverage，而是显示当前位点对应长度的reads丰度，

具体见
IGV-基因组浏览器-改造记录（一） - https://www.jianshu.com/p/7e90e454d487

第二个，新增特性，RegionOfInterest支持RNAfold，且IGV主窗口与RNA二级结构图支持动态同步

IGV-基因组浏览器-改造记录（二） - https://www.jianshu.com/p/09f0605fd036

第三个，新增特性，RNA二级结构折叠图对应reads丰度信息

IGV-基因组浏览器-改造记录（三） - https://www.jianshu.com/p/fcadcbfb88d1

第四个，新增特性，实时计算Phasing Score，

IGV-基因组浏览器-改造记录（四） - https://www.jianshu.com/p/7298d534ae8f

第五个特性，实时解析collasped.reads

IGV-基因组浏览器-改造记录（五）- https://www.jianshu.com/p/b1737d013609

写在最后

收到了一些朋友的需求，我对IGV-sRNA的以上几个功能做了进一步的优化。现在对外开放这个改造版本，但我个人收取每台机器RMB200的授权。这个授权会让对应的机器上可以使用这个版本的IGV，提供一年的版本updates。当然，很可能没有updates，因为我觉得不需要。
OK，欢迎有需要的朋友联系我。