学习单细胞转录组测序之前,先把这些包安装好
单细胞转录组测序很热,想必很多人都想学习一下。因为大家都喜欢热点,热点好搞基金,更好发文章,这是科研圈的共识。既然这么热,我们就从安装R包开始。这些包还是挺多的,包安装不好,后面的分析就没有办法做了呀。这些包不是一般的多,网速不好的话可能好要几天才能安装成功。
install.packages("Seurat")
install.packages("outliers")
install.packages("pbmcapply")
install.packages("doFuture")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("singscore"),ask = F,update = F)
BiocManager::install("GSVA"),ask = F,update = F)
BiocManager::install("GSEABase"),ask = F,update = F)
BiocManager::install("limma"),ask = F,update = F)
BiocManager::install('scRNAseq'),ask = F,update = F)
BiocManager::install('dbscan'),ask = F,update = F)
BiocManager::install('M3Drop'),ask = F,update = F)
install.packages("devtools")
library(devtools)
devtools::install_github('dviraran/SingleR')
从安装过程来看还是有点困难的,当然也与你所在的网络有关,海外的网速应该会比较顺利一点。
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