你的maptree还好吗？

写在前面：

今天启程回家，但是加我好友的人应该看到，今天确实太惨了，坐一整晚回去，这篇推送也是全程在火车上使用手机编辑出来的，希望能帮到大家。

到目前已经有三维热心网友给我反馈过这个问题了，就是maptree出图会重叠。

这是我使用其中一位网友的数据出图：大家可以看到，我框起来的地方确实发生的重叠。

我对这个问题进行一个具体的描述：首先在我们的示例数据中是没有问题的，很多数据也都没有问题，但是有三个网友发过来的数据都存在问题，绘制数量少一些otu还好，比较多，比如400，500个otu之后就会出现圈重叠的情况。

接在宏基因组推送的代码：


#按照平均丰度修改大小和按照门水平上色颜色
mapadd = maptree_add1_plot(mapdata)
p2 = mapadd[[1]]
p2

为什么会出现这个问题呢？这是在运行我的函数：maptree_add1_plot出现的问题。

我开始解析代码？

首先我观察到这个问题在变形菌门中出现，所以我嫁给你注释信息取子集直接到变形菌门的Gammaproteobacteria纲中。

ps_sub = ps_sub %>%
subset_taxa(
Class == "Gammaproteobacteria"
)
ps_sub

这里共有17个OTU，当我过滤出来的时候使用data_to_maptree出图，发现并没有问题，当然此时没有设置权重。

此时我们继续运行函数：maptree_add1_plot。发现就出现错误了

我去寻找那几个菌出现错误：

结果是如图所示的菌出现了重叠，进一步看他们的坐标和半径，发现确实是有重叠的范围，那么这个问题就是算法问题吗？

我打开了算法：这里有些函数我看不懂！也就是我没办法重现算法，希望动这个split这个算法的同志可以给一些帮助。由于算法没有什么进展，所以我做了一些枝枝叶叶的工作，想的也是给大家一些别的方法来减少这个错误。

layout_tbl_graph_treemap <- function(graph, algorithm = 'split', weight = NULL, circular = FALSE, sort.by = NULL, direction = 'out', height = 1, width = 1) {
weight <- enquo(weight)
weight <- eval_tidy(weight, .N())
sort.by <- enquo(sort.by)
sort.by <- eval_tidy(sort.by)
hierarchy <- tree_to_hierarchy(graph, direction, sort.by, weight)
layout <- switch(
algorithm,
split = splitTreemap(hierarchy$parent, hierarchy$order, hierarchy$weight, width, height),
stop('Unknown algorithm')
)[-1, ]
layout <- new_data_frame(list(
x = layout[, 1] + layout[, 3] / 2,
y = layout[, 2] + layout[, 4] / 2,
width = layout[, 3],
height = layout[, 4],
circular = FALSE,
leaf = degree(graph, mode = direction) == 0,
depth = node_depth(graph, mode = direction)
))
extra_data <- as_tibble(graph, active = 'nodes')
layout <- cbind(layout, extra_data[, !names(extra_data) %in% names(layout), drop = FALSE])
layout
}

当修改weight值的时候，重叠就会发生改变，或许会消失。在

所以我怀疑这个算法对于不同的数据会出现错误。为了尽可能避免这个算法问题，也想通过旁敲侧击来了解一下这个算法的特征，我进行了许多操作：

  • 由于问题出在weight，也就是说有些子圈的半径大于父圈，这样出现大量覆盖和重叠，这在我导出的数据中可以看到。所以在我手动将这些子圈半径条小之后再做就会解决，但是智能在少部分数据问题的情况下完成。

  • 对于weight我进行了各种不同的转化，可以通过计算平方根来缩小weigth值之间的差异，会改善重叠情况。

  • 将weight转化为秩次也可以部分解决这个问题。

但是以上两种方式都是治标不治本，不能从根本解决这个问题。归根结底我目前认为是split算法问题，ggraph作者在帮助文档中提到还有两种算法在开发中，我想快点开发出来吧。或者去github上问问。

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