胆道感染通常的诱因有胆道先天性疾病、结石、肿瘤、创伤等，导致胆汁排出受阻等，首要治疗原则是解除梗阻病因，通常需要外科手术和（或）内镜治疗。同时，规范的抗菌药物治疗在胆道感染治疗中也具有重要的意义。
经验性抗菌药物方案的选择国内外指南大致相同。临床选择药物时，应根据病原学分布和细菌耐药情况、病情的严重程度、既往使用抗菌药物的情况、是否合并肝肾疾病选择抗菌药物。尽可能在抗菌药物使用前获取血液、胆汁标本行细菌培养及药物敏感性试验，为后续用药方案调整提供依据。
此外，在选择抗菌药物时还需注意他们的入胆能力、当地抗菌药物敏感性。1. 注意药物的入胆能力，选择具有高胆汁穿透率的抗菌药物。
需要特别指出的是，头孢哌酮主要经胆汁排泄，部分经尿液排泄，在给药后 1～3 小时，胆汁中浓度达到最高峰，可比同期血清浓度高出近 100 倍。
针对敏感菌株，头孢哌酮及其含酶抑制剂的复方制剂在胆道感染时有较好疗效。但也需注意，在严重胆道梗阻时，由于排出受阻，可能需要适当调整剂量，特别是对于合并肾功能不全的患者。2. 在选择抗菌药物时，应考虑当地抗菌药物敏感性：
氨苄西林舒巴坦对大肠杆菌几乎没有活性。北美指南已将其删除。
如果药敏结果示敏感或对 β-内酰胺过敏，推荐使用氟喹诺酮类药物。
如果存在胆肠吻合，可联合使用甲硝唑、替硝唑或克林霉素。碳青霉烯类、哌拉西林/他唑巴坦、氨苄西林/舒巴坦、头孢美唑、头孢西丁、头孢哌酮/舒巴坦在这种情况具有足够的抗厌氧菌活性，无需联用硝基咪唑类药物。
万古霉素推荐覆盖肠球菌。用于 III 级急性胆管炎和胆囊炎，耐万古霉素肠球菌（VRE）患者，推荐使用利奈唑胺或达托霉素。
国内外对于胆道感染的疗程基本一致，不同的地方在于国内指南对于急性胆管炎列出了详细的停药指征，而国外指南则补充了革兰阳性菌引起的菌血症的疗程。临床具体病例可以综合参考。
Ⅰ、Ⅱ 级急性胆囊炎患者抗菌药物治疗仅在术前或手术中使用，术后应用尽量不超过 24 h。
Ⅲ 级急性胆囊炎患者抗菌药物治疗至感染控制（手术切除或胆囊穿刺造瘘术）后 4~7 d。
在有效胆汁引流基础上，急性胆管炎患者抗菌药物应用应持续至停药指征时。
