关于EasyStat的一些小改进集合-好用就是改出来的

EasyStat用于做差异分析和可视化非常的好用,但是我们的字母标记样式的可视化中显著性字母实际上有多个图层,可以这样理解,例如下面的箱线图:图中有多少个样本点,对应箱体上面的字母就有多少个重复图层。其实这个影响不大,但是多个字体重叠在一起会导致锯齿状,并且字母会偏深,如果要使用矢量图进行修改字母大小的话,那就需要多次修改了。所以我决定进行修改。

把这些点拉开就会发现:

这里我进行了一个修改,去除了重复:

tab.abc = data_box %>% distinct( group, .keep_all = TRUE)

我们做差异分析所使用的i参数,用于指定数据列,这里之前支支持列序号,

其次好多朋友提示我,这个序号还需要数,所以今天我修改i参数,同时支持数字和列名。

运行一下案例,你就可以体会到:


library(EasyStat)library(tidyverse)data(data_wt)i= "AP"result = KwWlx(data = data_wt, i= "AP")PlotresultBox = aovMuiBoxP(data = data_wt, i= "AP",sig_show ="abc",result = result[[1]])# utput resultp = PlotresultBox[[1]]p


PlotresultBar = aovMuiBarPlot(data = data_wt, i= "AP",sig_show ="abc",result = result[[1]])# utput resultPlotresultBar[[1]]

result = KwWlx2(data = data_wt, i= "AP")PlotresultBox = aovMuiBoxP2(data = data_wt, i= "AP",sig_show ="abc",result = result[[1]])# utput resultp = PlotresultBox[[1]]p
head(data_wt)result = MuiKwWlx(data = data_wt,num = c("AK","AP","bac"))result1 = FacetMuiPlotresultBox(data = data_wt,num = c("AK","AP","bac"),result = result,sig_show ="abc",ncol = 2 )result1[[1]]
result1 = FacetMuiPlotReBoxBar (data = data_wt,num = c("AK","AP","bac"),result = result,sig_show ="abc",ncol = 2 )result1[[1]]
result1 = FacetMuiPlotresultBox2(data = data_wt,num = c("AK","AP","bac"),result = result,sig_show ="abc",ncol = 2 )result1[[1]]
result1 = FacetMuiPlotresultBar(data = data_wt,num = c("AK","AP","bac"),result = result,sig_show ="abc",ncol = 2 )result1[[1]]
result = MuiKwWlx(data = data_wt,num = c("AP","SOM","TN"))res <- MuiPlotStackBar(data = data,i = c("AP","SOM","TN"),result = result)# utput resultres[[1]]

根际互作生物学研究室 简介

根际互作生物学研究室是沈其荣教授土壤微生物与有机肥团队下的一个关注于根际互作的研究小组。本小组由袁军副教授带领,主要关注:1.植物和微生物互作在抗病过程中的作用;2 环境微生物大数据整合研究;3 环境代谢组及其与微生物过程研究体系开发和应用。团队在过去三年中在 isme J, Microbiome, PCE,SBB,Horticulture Research等期刊上发表了多篇文章。欢迎关注 微生信生物 公众号对本研究小组进行了解。

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  • 团队成员邮箱 袁军:junyuan@njau.edu.cn;文涛:2018203048@njau.edu.cn

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