玩转NGS实验室 | 第四期：NGS实验室分区功能介绍（上）：样本准备
高通量测序 (Next Generation Sequencing，NGS) 技术因其通量、成本和效率等各方面的优势，在肿瘤、遗传病及病原微生物检测领域发挥着越来越重要的作用。随着相关临床研究的持续深入，政策法规的引导与完善，进一步推动了该技术在院内本地化的应用。“玩转NGS实验室”专栏旨在从多角度探讨NGS技术院内本地化应用的相关规范、应用项目及重要进展，推动NGS技术的临床转化。
高通量测序实验室建设按其功能可大致分为三部分：样本准备、文库构建、测序分析。各部分又因其主要工作内容可进一步拆分为不同分区，进行单独管理。其后，我们将针对不同环节的具体分区情况、区域功能、注意事项、配套设备等展开详细介绍。
样本准备区域主要包括试剂储存和准备区、样本前处理区和样本制备区，本区域功能是为后续文库构建环节提供合格的样本材料。
01
试剂储存和准备区
本区域为洁净区域，区域功能为：贮存试剂的制备、试剂的分装、扩增反应混合液的准备以及离心管、吸头等消耗品的贮存和准备。[1]
注意事项：
a. 贮存试剂和用于标本制备的消耗品等材料应当直接运送至试剂贮存和准备区，不能经过扩增检测区。[3]
b. 试剂盒中的阳性质控品和对照品不应贮存于此区域，应保存在样本处理区。[1]
仪器设备：医用冷藏冷冻箱、超净工作台、天平、涡旋振荡器、移液器、纯水仪、掌上离心机和可移动紫外灯。[2-4]
消耗品：一次性手套、耐高压处理的离心管和移液器枪头、采血管及实验所需耗材、专用办公消耗品。[2]
02
样本前处理区
区域功能为：组织切片、脱蜡、染色及血液、尿液、胸腹水等标本的离心、涂片、染色等。
体系突变检测时，需对组织学或细胞学样本进行病理质控，目的是进一步明确病变组织或细胞与病理诊断是否一致；评估肿瘤细胞的比例是否达到检测要求；确定肿瘤细胞位置，富集肿瘤细胞，避免出血、坏死、间质细胞影响DNA质量。[5]
注意事项：
a. 有保证开展工作的空间，且不影响工作质量、质量控制程序和人员安全。该区域使用二甲苯等有毒有害物质，需做好化学安全防护，且配有废液桶，废弃的二甲苯等化学污染物统一回收处理。[5]
b. 应包括切片区和脱蜡区，其中脱蜡、水化及染色须在通风设施中进行。[4]
c. 血液样本与组织样本应分区处理。
仪器设备：生物安全柜、切片机、裱片机、光学显微镜、可移动紫外灯、电热恒温箱、冰箱、移液器、高速离心机。[4]
消耗品：一次性手套、耐高压处理的离心管和移液器枪头，专用办公消耗品。
03
样本制备区
本区域为半污染区，区域功能为：完成新鲜组织样本、冰冻样本、细胞学样本、FFPE样本、外周血样本的核酸（RNA、DNA）提取、定量及纯度测定。[3]
注意事项：
a. 核酸纯化过程中可能会发生气溶胶所致的污染，可通过在本区内设立正压条件，避免从邻近区进入本区的气溶胶污染。为避免样本间的交叉污染，加入待测核酸后，必须盖好含反应混合液的反应管。
b. 在提取不同类型的样本（新鲜组织、FFPE、血液等）核酸时应避免样本之间的交叉污染，建议在区域内设置不同样本的独立生物安全柜。[3]
c. 对于涉及临床样本的操作，应符合生物安全二级实验室防护设备、个人防护和操作规范的要求。[1]
仪器设备：医用冷藏冷冻箱、生物安全柜B级、冷冻高速离心机、掌上离心机、水浴锅、恒温金属浴、核酸定量仪、移液器（2套）、制冰机/PCR冷冻冰盒、可移动紫外灯、涡旋振荡仪和磁力架/真空泵。[1],[3]
备注：若有自动核酸提取仪，则此区域可与文库制备区合并；若有样本制备、文库制备及扩增检测为一体的自动化分析仪，则此区域可与文库制备区、扩增区合并。[1],[4]
消耗品：一次性手套、耐高压处理的离心管和移液器吸头（带滤芯），专用办公消耗品。
参考文献
[1] 中华人民共和国卫生部． 医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法[S]. 2010-12-06.
[2] 临床基因扩增检验实验室基本设置标准[J]. 中国临床实验室, 2002.
[3] 李金明.高通量测序技术[M].北京:科学出版社,2018.
[4] 分子病理诊断实验室建设指南(试行)[J]. 中华病理学杂志, 2015, 000(006):369-371.
[5] 分子病理实验室设计要求及体会[J]. 诊断病理学杂志, 2018, 25(11):57-58.
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