用viroblast搭建本地blast网站

写在写在前面的前面

高通量测序已然普及。要把某个并不太复杂的物种基因组挂到一个相对粗糙的染色体水平，或许花费只需10w上下（*不看人力*）。大多数课题组从经费上，事实已经能够承受。虽然已报道的植物仅仅300多个，但更多课题组早已有自己组装好的基因组。**基因组项目，从某个角度来说，是该项目负责人在做的公益项目**。一方面是人力物力的输出，另一方面，我们很清楚，投入与收益很少能够对等。基因组的公布**或共享**事实上，就是在在免费的公共服务。

回到主题，如果更好地让一个基因组测序结果充分地得到利用，那么最直接的，就是建立相应的网站并分享给有需要的人或课题组。

课题组研一成员老饕给实验室搭建了一个实验室内部使用的Blast网页服务。我便要其将操作流程整理并投稿至**生信札记**，并希望对有需要的朋友有参考意见。以下全文：

写在前面

由于我们实验室的主要研究对象是荔枝，而在ncbi上的blast中还没收录荔枝基因组信息，所以使用起来不是那么方便。那么我们能不能实现一个本地的blast网站，使我们可以用荔枝的基因信息作为query，以荔枝的整个基因组作为Database,进行blast搜索呢？

答案是肯定的，目前我知道的有几个工具可以实现我们的目的——

• viroBlast

• SequenceServer

• wwwblast
  这里我用的是 viroBlast。

实现过程

首先，要安装一些使用 viroBlast 的依赖软件。

1. 安装 blast+，使用conda安装blast，也可以去ncbi上下载相应的blast+压缩包，然后再自行安装。

conda install blast

2. 安装 服务器 apache2,因为我们要搭建的是一个网页版的blast。  如果你像我一样已经安装了xampp集成包，也可不用直接单独安装apache2。

sudo apt-get install apache2

3. 安装PHP,因为viroBlast是用PHP编写的，所以我们需要有PHP。当然，如果你安装了xampp，同样也不用单独安装PHP，这些在xampp中都包含着。

sudo apt-get install libapache2-mod-php php php-gd

4. 下载viroblast。要下载viroblast，首先先要去其官网申请许可。当然在GitHub上也可以找到资源下载。https://indra.mullins.microbiol.washington.edu/viroblast/viroblast.php

• 进入官网，然后点击Download

  

• 然后选择 Academic License ，点击之后填写相关信息并提交，就会收到被授予许可的邮件以及下载链接。

  

5. 有了下载链接之后，我们就可以下载 viroBlast啦，以下是我获得的链接。

wget http://indra.mullins.microbiol.washington.edu/viroblast/download.php?ID=viroblast.tar.gz


6. 解压


tar -zxvf viroblast.tar.gz

7. 移动viroblast 文件夹到相应的位置。

• 如果你是单独安装的apache2, 那么移动到  /var/www/html 下:

mv viroblast /var/www/html/

• 如果你是跟我一样，安装的xampp, 那么移动到  /opt/lampp/htdocs/ 下:

mv viroblast /opt/lampp/htdocs/

8. 通过网页查看viroblast是否安装成功。打开浏览器，网页访问：http://主机IP/viroblast/viroblast.php,显示如下说明安装成功：

9. 然后再用makeblastdb构建自己所需要的blast数据库(本地blast库构建代码语法如下)：

makeblastdb -in db.fasta –dbtype prot/nucl -parse_seqids -out dbname

• 将核酸库放在/viroblast/db/nucleotide下

• 将蛋白库放在/viroblast/db/protein下

10. 设置好数据库之后，如图配置 viroblast.ini 文件。

11. 至此，viroBlast 已经完全配置好并且可以正常使用啦！ 如果想更改一下前端页面的样式或者伪装一下Logo, 那么可以自行修改viroblast.php文件。

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写在最后

读研半年多，
收获了很多东西，
但似乎，又失去了某些东西，不管是人或者事。。
嗯，生命不息，修行不止