关于circRNA研究,你必须要知道的几件事
01
circRNA可以做哪些样品的研究?
细胞、组织、尿液、唾液、全血、血清、血浆等,甚至FFPE你也可以拿来试试。
02
circRNA研究的进展情况如何?
circRNA目前已在胃癌、结直肠癌、动脉粥样硬化、食管癌、老年痴呆等疾病或生理过程中有报道。
除了人的circRNA研究,在小鼠、线虫、斑马鱼、果蝇、疟原虫以及个别古细菌、病毒等物种中也有circRNA发现的消息。虽然植物中的研究目前只在水稻、拟南芥有报道,但依照circRNA研究的火热程度,植物领域的相关研究也很快会成为雨后的春笋。
03
circRNA的研究思路
按照circRNA三大研究热点进行细分,梳理对应的科研思路:
(1)circRNA作为miRNA海绵的研究思路
circRNA结合miRNA的靶点预测。通过数据库预测circRNA中miRNA潜在结合位点,可采用Arraystar miRNA软件进行初步筛选,再按照DIANA数据库定向筛选。
(2)circRNA参与转录调控的研究思路
circRNA翻译蛋白质进行细胞功能验证。生存曲线、凋亡验证与表型变化的一致性,也可通过基因敲除/过表达探究circRNA的翻译功能。
circRNA翻译蛋白质的分子机制。进行分子机制研究,揭示生命的深层次奥秘,为人类的健康事业做出贡献。
经典文献推荐。此类研究比较新颖,2018年3月发表在Journal of the National Cancer Institute(IF=11.238)上的一篇名为“Novel role of FBXW7 circular RNA in repressing glioma tumorigenesis”的研究,揭示了circRNA-FBXW7在内部核糖体进入位点驱动下跨接开放阅读框编码一种新的21kDa蛋白,以及其在抑制胶质瘤肿瘤发生中的新作用。
(3)circRNA参与蛋白结合的研究思路
探究circRNA与结合蛋白(RBP)的互作。通过RIP或计算机模拟实验筛选出与circRNA相互作用的蛋白,并研究两者的调控关系或下游机制。
经典文献推荐。此类研究思路简明,2017年3月发表在Theranostics(IF= 8.537)上的一篇名为 “A circular RNA binds to and activates AKT phosphorylation and nuclear localization reducing apoptosis and rnhancing cardiac repair”的研究,揭示了circRNA结合并激活Akt磷酸化和核定位,发挥减少细胞凋亡并增强心脏修复的作用。
探究circRNA的第三步:验证和升华
通常是构建动物模型或追溯临床标本信息,开展体内验证实验,帮助升华circRNA在疾病治疗中研究意义。
04
circRNA研究参考数据库有哪些?
1.circBase
2.starBase的子页:circRNABase
3.deepBase
05
circRNA有哪些测序建库方式?
这两种方法对后续的分析和功能有何影响?请看下表:
参考文献:
Ghosal, Suman, et al. "Circ2Traits: a comprehensivedatabase for circular RNA potentially associated with disease and traits."Front. Genet 4.283 (2013): 10-3389.
Bahn, Jae Hoon, et al. "The landscape of microRNA, Piwi-interactingRNA, and circular RNA in human saliva." Clinicalchemistry 61.1 (2015):221-230.