在对待功臣的态度上面，相比于刘邦，光武帝刘秀的确技高一筹
公元八年，王莽代汉，自称皇帝，国号为新。由于他的倒行逆施，不到十年，饥荒遍地，各地纷纷起兵反抗。众多力量经过激烈角逐之后，刘秀建立了东汉王朝。
刘秀取得天下之后，自然也遇到了处理功臣的问题。在这方面，他采取了与刘邦截然不同的手段，显得技高一筹。
邓禹，他曾与刘秀在长安同窗学习，关系密切。当反王莽的烽火遍地燃起的时候，有人劝他投奔更始帝刘玄，邓禹不肯。当他听说刘秀起兵之后，毅然北上，长途跋涉，追奔刘秀。刘秀十分高兴，问他：“你远来投奔，是想当官吗？”邓禹说：“不是，我只希望您能威震四海，我能效微小之力，青史留名。”刘秀大笑，和他单独谈论天下大事。邓禹分析说：“更始皇帝毫无大志，您如果能招揽英雄，取信于民，定能重建汉室基业。”刘秀大喜，把邓禹留在身边为自己出谋划策，命令左右称之为邓将军。
每次任人拜将，刘秀总要先征求邓禹的意见。邓禹推荐的人，都用当其才。刘秀赞扬邓禹有知人之明，委任他为前将军，持节。邓禹率精兵两万，西进关中，一路上破关斩将所向披靡。刘秀即位称帝，封邓禹为大司徒，开始了平定各路军队的统一战争。邓禹军纪整齐，所到之处，男女老幼，望风相迎，投奔的人日以千计。不久就汇集了百万大军，威震关西。刘秀多次下诏表扬。
统一天下之后，论功行赏，邓禹最高，封为高密侯，食邑四个县。同时解除了他的左右将军职务。邓禹心里明白刘秀的用意，于是，从此远离名势，在家孝顺母亲，教育子孙。十三个儿子，各有所长，为人称道。刘秀对他自然十分放心了。邓禹五十七岁时寿终正寝。
贾复，是刘秀的又一员得力干将。他最初投奔刘玄，见刘玄难成大业，转而投奔到刘秀军中。由邓禹引荐，深受刘秀器重。刘秀把自己的战马赠送给他，任命他为都护将军。
射犬之战中，时近中午，还没能攻下敌阵。刘秀命贾复先停战吃饭，贾复却说：“先攻破他们再吃饭。”冒着箭雨，身先士卒，大获全胜。真定之战，他身负重伤，险些丧命。他跟着刘秀南征北战，勇冠全军，从未失败，身上共有十二处负伤。当其他将领居功自夸时，贾复却一言不发。刘秀说：“贾君的功劳，我心里明白。”
平定天下后，刘秀封他为胶东侯，食邑六县。贾复看出刘秀要息武修文，不愿让功臣们聚于京城，就主动交出兵权，深居不出，潜心儒学，最后寿终正寝。
对其他功臣，刘秀也大加封赏，让他们自己提出条件，全都一一满足，群臣皆大欢喜。有人劝刘秀说：“古代封一个诸侯也不过百里，为的是不使地方势力过大，加强中央权力。现在动辄食封四县，不合法制。”刘秀说：“古代亡国，都是因为无道，没听说因为封给功臣的土地太多而灭亡的。”
其实，刘秀在“息武修文”的堂皇名义之下，给功臣们加官进爵，让他们到封地去享清福，既笼络了人心，又夺了他们的兵权，消除了后患，一举两得。只不过刘秀不能明说。这种兔死狗烹，只是手段比较温和些就是了。刘秀要“息”的正是像邓禹、贾复这样既智勇双全，又手握重兵的人。刘秀对他们是很不放心的。对于他认为可以放心的功臣，他还是留用的，最典型的就是吴汉。
吴汉，为人质朴憨厚，一着急，连话都说不明白了。但他勇猛异常，冲锋陷阵，屡建战功。河北平定后，吴汉与诸将一起把刘秀推上了皇帝的宝座，被封为大司马。每临战斗，神态自若；每次出征，早晨接到诏书，晚上立即出发，刘秀常常赞叹不已。所以，吴汉一直留任。
《后汉书》的作者范晔记下了吴汉的事迹之后，发了一番议论，他说：“过去陈平因为智谋有余被刘邦怀疑，周勃却因为质朴忠厚而被信任；在仁义不足相依的时候，聪明人会因为过分聪明而被怀疑，质朴的人却因为他的这一缺点而被信任。”一语道出了刘秀取舍功臣的目的。
马援的悲剧，从另一方面反映了刘秀的真实用心。马援虽投奔刘秀较晚，但他为刘秀最后统一全国立下了汗马功劳，也是东汉的开国功臣之一。他立志在边疆建功立业。公元44年，他对老友孟冀说：“当今匈奴、乌桓仍在侵扰北疆，我要请求带兵消灭他们。好男儿应当战死疆场，用马皮裹回尸体埋葬。”在他的再三请求下，刘秀勉强同意给他三干人。匈奴闻讯而逃，马援无力远追，壮志未酬。
他六十二岁，又请求出征南方的武陵蛮。刘秀借口他年龄太大，拒不答应。马援再三请求，并上马表演一番，以示雄风不减当年。刘秀只好答应。马援出征，首战告捷，乘胜追击。时值盛夏，天气酷热，瘟疫流行，许多士兵染病而死。马援也染上瘟疫，仍坚持巡阵，鼓舞军心。许多士兵感动得流下了眼泪。由于年迈体弱，马援病死在战场上。刘秀当即追回官印。马援的家属们不敢把马援的尸体运回，只好买了地草草下葬了。马援的马革裹尸还愿望，未能实现。
对这位忠心耿耿的老将军，刘秀为何如此刻薄呢？
其根本原因，就是马援的做法，违背了刘秀的意愿。刘秀害怕功臣长期统帅军队会威胁自己，所以用封赏的办法收回了他们的兵权。马援主张大动甲兵，又多次拥兵在外，他是为了保卫边疆，可令刘秀放心不下。刘秀几次不批准马援的请求，已暴露了他的这个阴暗心理。可惜，马援并未体察到这一点。